Lediga jobb som Bioinformatiker i Stockholm

The Swedish Museum of Natural History is a government agency with a mandate to promote knowledge, research and interest in our world. It is a prominent research institution and Sweden's largest museum. For more than 200 years, the museum has been collecting specimens and data and conducting research on life on earth. The collections contain more than 11 million plants, animals, fungi, environmental samples, minerals and fossils. All research and knowledge are shared in the exhibitions, Cosmonova and in activities at the museum and digitally.

The Department of Population analysis and monitoring at the Swedish Museum of Natural History is seeking a motivated PhD candidate for a four-year position focusing on studying the responses of marine species to past and future sea warming. The PhD student will be supervised by Dr. Nicolas Dussex and co-supervised by Dr. Mafalda Ferreira at the Department of Zoology (SU).

WORK TASKS
Using published and newly-generated modern and historical genomes as well as modelling and simulation approaches, the project will aim at examining the past and future demographic and genomic responses of marine species to climate change. Specific aims include:

• Performing comparative demographic analyses (e.g. PSMC) for marine invertebrate, fish, bird and mammal species using published data.
• Perform temporal population genomics analyses for a subset of candidate species and determine the drivers of genomic variation over the past 200 years
• Predict the distributional, demographic and genomic responses of those candidate species under future climate change scenarios.

The project integrates historical DNA laboratory work (sample preparation and sequencing) with bioinformatics, computational genomics, and modelling approaches (Species Distribution Modelling, genome informed simulations), providing training across both wet and dry lab research.

QUALIFICATIONS
To be eligible, applicants must have:

• A Masters degree in biology, bioinformatics, genetics, or a related field.
• Demonstrated skills in molecular biology and/or DNA laboratory work.
• Documented experience in computational genomics, including analysis of whole-genome sequencing data.
• Strong written and spoken English skills.                                                                                                                                              

The following qualifications will be considered advantageous:

• Experience with molecular and computational tools to analyse historical/ancient DNA
• Familiarity with demographic reconstructions (e.g. PSMC) 
• Research experience related to population genomics, evolutionary genomics or genetic indicators (e.g. inbreeding, effective population size)
• Proficiency in bioinformatics tools, bash command-line scripting, and programming in Python and/or R.
• Experience working with high-performance computing (HPC) clusters.
• Experience with Species Distribution Modeling (SDM) and/or genome-informed simulations (SLiM)

We seek a candidate who is analytical, motivated, and able to work both independently and collaboratively.

OTHER
We advance our knowledge of the natural world, inspiring better care of our planet. Our ambition is that the employees of the Swedish Museum of Natural History shall represent the diversity of Sweden, and we welcome applicants from all backgrounds.

We have made decisions regarding marketing channels and therefore decline contact with recruitment agencies and advertising sellers. Visa mindre

The Swedish Museum of Natural History is a government agency with a mandate to promote knowledge, research and interest in our world. It is a prominent research institution and Sweden's largest museum. For more than 200 years, the museum has been collecting specimens and data and conducting research on life on earth. The collections contain more than 11 million plants, animals, fungi, environmental samples, minerals and fossils. All research and knowledge are shared in the exhibitions, Cosmonova and in activities at the museum and digitally.

The Department of Bioinformatics and Genetics at the Swedish Museum of Natural History is seeking a motivated PhD candidate for a four-year position focusing on the role of structural variants in woolly mammoth and woolly rhino adaptation and extinction. The PhD student will be supervised by Dr. Tom van der Valk and co-supervised by Prof. Love Dalén at the Centre for Palaeogenetics.

WORK TASKS
Using new samples as well as already generated high-coverage genomes, the project will develop and apply novel methods to detect structural variants in ancient DNA and explore their functional consequences. Specific aims include:

• Developing computational methods for identifying structural variants from degraded ancient DNA data.
• Building pangenome graphs to map structural variation across woolly mammoth and woolly rhino populations.
• Investigating the potential role of structural variants in adaptation to the Arctic environment.
• Assessing how genomic structural changes may have contributed to population decline and extinction.

The project integrates ancient DNA laboratory work (sample preparation and sequencing) with bioinformatics and computational genomics, providing training across both wet and dry lab research.

QUALIFICATIONS
To be eligible, applicants must have:

• A Masters degree in biology, bioinformatics, genetics, or a related field.
• Demonstrated skills in molecular biology and/or DNA laboratory work.
• Documented experience in computational genomics, including analysis of whole-genome sequencing data.
• Strong written and spoken English skills.

The following qualifications will be considered advantageous:

• Experience with molecular and computational tools to analyse ancient DNA
• Familiarity with methods for detecting structural variants.
• Research experience related to megafaunal extinction or evolutionary genomics.
• Proficiency in bioinformatics tools, bash command-line scripting, and programming in Python and/or R.
• Experience working with high-performance computing (HPC) clusters.

We seek a candidate who is analytical, motivated, and able to work both independently and collaboratively.

OTHER
We advance our knowledge of the natural world, inspiring better care of our planet. Our ambition is that the employees of the Swedish Museum of Natural History shall represent the diversity of Sweden, and we welcome applicants from all backgrounds.

We have made decisions regarding marketing channels and therefore decline contact with recruitment agencies and advertising sellers. Visa mindre

Vill du bidra till att förbättra människors hälsa?
Vi söker Forskningsassistent för bioinformatikstöd i projektet om sällsynta skelettsjukdomar.

Anställningen är tidsbegränsad och kommer att pågå under en månad, med start i början av juni.

Tjänsten är i forskargruppen Clinical Genetics, i teamet som studerar molekylära orsaker till genetiska skelettsjukdomar. Vi arbetar i ett modernt laboratorium på Bioclinicum belägen på Karolinska Universitetssjukhusets område, Solna. Flera gruppmedlemmar arbetar också på avdelningen för klinisk genetik och genomik vid Karolinska universitetssjukhuset, den största kliniska genetiska avdelningen i Sverige med över 100 anställda. Vi har även ett nära samarbete med Science for Life-laboratoriet i Solna.

Din roll
Den framgångsrika sökanden kommer att vara involverad i analysen av massiva parallella DNA- och RNA-sekvenseringsdata från patienter och familjer med olösta ultrasällsynta genetiska skelettsjukdomar samt molekylärgenetisk uppföljning av resultat. Detta projekt ger möjlighet att delta i ett translationsprojekt som kommer att ha direkt klinisk effekt.

Vem är du?
Vi söker en motiverad person med magisterexamen eller masterexamen i biologi eller bioinformatik. Erfarenhet av att arbeta med bioinformatik är ett krav. Som person är du nyfiken och har ett högt engagemang för dina arbetsuppgifter, och kan arbeta både individuellt och i team. Stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet.

Vad erbjuder vi?
En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet en statlig myndighet. Det gör att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal. Medarbetare på KI erbjuds också möjlighet till ett flexibelt arbetssätt. Det innebär att om den verksamhet du jobbar i tillåter, så kan du arbeta en del av din arbetstid på distans. Du får även träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar där utbildad personal finns på plats.  

Placering: Solna

 https://ki.se/om-ki/tio-skal-att-valja-karolinska-institutet



Ansökan
Varmt välkommen med din ansökan senast den 2025-05-26

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi. I denna rekrytering söker du med ditt CV utan personligt brev. I ansökningsformuläret kommer du istället att få svara på några frågor om varför du söker jobbet. 

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss Visa mindre

Arbetsuppgifter
Befattningen innefattar DNA-analys, främst m.

h.a. Nanopore-teknologi. Arbetet inkluderar både laborativt arbete och hantering/analys av DNA-data. Med hjälp av Nanopore-sekvensning studerar vi stora mängder mitokondriegenom från hund för storskalig populationsgenetisk analys. Arbetsuppgifterna innefattar:

- DNA-extraktion, PCR och bibliotekspreparation
- Hantering och bioinformatisk analys av stora datamängder från Nanopore-plattformen, främst PromethION, och i viss mån Illumina- och Sangerdata.
- Sekvensering m.h.a. Nanopore MinION vid behov

En stor del av arbetet kommer att utföras i labb med förberedelse och amplifiering av prov via PCR, samt bibliotekspreparation. Efter att biblioteken sekvenserats kommer arbetet gå in i en ny fas med stor vikt vid bioinformatisk och fylogenetisk analys. Vi ser därför gärna en kandidat som har erfarenhet av och trivs i labbet, samt har ett intresse av bioinformatisk analys, lättare programmering och skript.

Vi erbjuder
- En anställning på ett ledande tekniskt universitet som skapar kunskap och kompetens för en hållbar framtid
- Engagerade och ambitiösa kollegor samt en kreativ, internationell och dynamisk miljö

https://www.kth.se/om/work-at-kth/kth-your-future-workplace-1.49050 samt våra https://www.kth.se/om/work-at-kth/en-arbetsplats-med-manga-formaner-1.467932

Kvalifikationer
Krav

- Avlagd examen på grundnivå eller avancerad nivå (högskoleutbildning) inom molekylärbiologi, bioteknik eller motsvarande kompetens.
- Erfarenhet från laborativt arbete inom molekylärbiologi
- Kunskaper i grundläggande datoroperationer, hantering av Shell-kommandon eller skript (t.ex. Bash), förståelse för grundläggande begrepp och kommandon i Linux/Unix-operativsystem och grundläggande felsöknings- och problemlösningsfärdigheter.

Meriterande

- Kunskaper inom bioinformatisk analys av DNA-sekvensdata, gärna från Nanopore
- Erfarenhet av laborativa metoder relevanta för arbetet: PCR, bibliotekspreparation, rening med ”magnetic beads”. Gärna i 96-brunnsplatta.
- Erfarenhet av fylogenetisk analys, gärna av mitokondriella genom
- Självständighet inom planering och utförande av experiment
- God samarbetsförmåga
- Medvetenhet om mångfalds- och likabehandlingsfrågor med särskild fokus på jämställdhet.

Vi kommer lägga stor vikt vid personliga egenskaper.

Fackliga representanter
Kontaktuppgifter till https://www.kth.se/om/work-at-kth/fackrepresentanter-1.500898. 

Ansökan
Du ansöker via KTH:s rekryteringssystem. Du som sökande har huvudansvaret för att din ansökan är komplett när den skickas in.

Ansökan ska vara KTH tillhanda senast sista ansökningsdagen vid midnatt, CET/CEST (CentralEuropean Time/Central European Summer Time).

Om anställningen 
Anställningen gäller tidsbegränsat enligt avtal - i upp till 9 mån , med tillträde enligt överenskommelse.

Övrigt
Strävan efter jämställdhet, mångfald och lika villkor är både en kvalitetsfråga och en självklar del av KTH:s värdegrund.

För ihttps://www.kth.se/om/work-at-kth/processing-of-personal-data-in-the-recruitment-process-1.823440 i samband med rekrytering.

Det kan förekomma att en anställning hos KTH är placerad i säkerhetsklass. Om så är fallet för just denna anställning görs en säkerhetsprövning av sökande i enlighet med säkerhetsskyddslagen (2018:585) efter samtycke. I dessa fall är en förutsättning för anställning att sökande blir godkänd efter säkerhetsprövning.

Vi undanber oss direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av platsannonser.



 

Om KTH

KTH är ett av Europas ledande tekniska universitet och en viktig arena för kunskapsutveckling. Som Sveriges största universitet för teknisk forskning och utbildning samlar vi studenter, forskare och fakultet från hela världen. Vår forskning och utbildning omfattar såväl naturvetenskap som alla grenar inom teknik samt arkitektur, industriell ekonomi, samhällsplanering, historia och filosofi. https://www.kth.se/om/om-kth-1.885102 Visa mindre

Genomic Medicine Center Karolinska (GMCK), en del av funktionen Medicinsk Diagnostik Karolinska (MDK), söker nu bioinformatiker för att stärka den pågående implementeringen av storskalig DNA-sekvensering inom den molekylära diagnostiken.

Kom och arbeta hos oss med den senaste tekniken på ett av världens mest avancerade sjukhus!

Du erbjuds
en spännande multidisciplinär arbetsmiljö där ditt dagliga arbete gör stor skillnad för ett stort antal patienter
stor möjlighet att utvecklas i din roll och ta an nya arbetsuppgifter över tid
möjligheten att arbeta på ett av världens bästa sjukhus med vård i framkant (länk till newsweek: World's Best Hospitals 2024 - Newsweek Rankings).

Som anställd på Karolinska Universitetssjukhuset får du självklart också ta del av de förmåner som vi erbjuder!

Om tjänsten

Du arbetar i ett multidisciplinärt team tillsammans med läkare, molekylärbiologer, andra bioinformatiker och mjukvaruutvecklare inom sjukhuset samt med forskningsinfrastrukturen Clinical Genomics vid Science for Life laboratoriet (SciLifeLab) och forskargrupper på Karolinska Institutet. Vi använder de senaste teknikerna för storskalig DNA sekvensering och skapar ett stort värde för patienterna genom att hjälpa till att ställa exakt molekylär diagnos.

Du kommer arbeta i vårt arbetsflöde för cancerdiagnostik inom solida tumör. Arbetsuppgifterna består huvudsakligen i att tolka data för att förbereda underlag till utsvar och kommunicera resultat till molekylärpatologer och övriga vårdaktörer. Även arbete med att utvärdera nya analysstrategier och tekniska lösningar kan ingå i arbetsuppgifterna. 

Vi söker dig som
är självgående och stabil, men som samtidigt uppskattar arbete i grupp för att nå gemensamma mål
har god samarbetsförmåga och har lätt för att bygga relationer med olika personalgrupper
är strukturerad med god teknisk förståelse för bioinformatik inom genomik
är serviceinriktad och kvalitetsmedveten, då arbetet innebär analys av patientprover åt medicinska enheter på funktionen Medicinsk Diagnostik Karolinska.
Kvalifikationer

Krav:

Magister eller ingenjörsexamen inom data eller livsvetenskaper från högskola eller universitet
Erfarenhet av analys och tolkning av sekvenseringsdata genererad med breda genpaneler eller helgenomsekvensering för kliniska applikationer (diagnostiska analyser) inom cancer 
Programmeringskunskaper i Python och R
Erfarenhet av arbete i Linux/Unix miljö

Meriterande:

Erfarenhet  utveckling av bioinformatiska analysflöden inom området storskalig DNA sekvensering med Illumina sekvenseringsteknologi.
Erfarenhet av arbete i en kvalitetssäkrad laboratoriemiljö (ISO/IEC 17025 eller ISO/IEC 15189).
Om rekryteringsprocessen

Urval och intervjuer kommer att ske löpande. 

Varmt välkommen med din ansökan - Tillsammans är vi Karolinska!
Inför tillsättning av befattning som innefattar vård av barn och ungdom, kontrolleras den som erbjuds tjänsten mot misstanke- och belastningsregistret. https://www.karolinska.se/jobba-hos-oss/rekrytering-pa-karolinska/



Som anställd på Karolinska Universitetssjukhuset kan du komma att krigsplaceras. https://www.karolinska.se/jobba-hos-oss/var-arbetsplats/totalforsvarsplikt-allman-tjansteplikt-och-krigsplaceringar-pa-karolinska-universitetssjukhuset/



Om du är eller tidigare har varit anställd i Region Stockholm kommer vi att ta interna referenser från din nuvarande eller tidigare chef, om du blir aktuell för anställning.



För tillsvidaretjänster kan provanställning komma att tillämpas.



Om Karolinska Universitetssjukhuset

Vi på Karolinska Universitetssjukhuset är stolta över att vi är ett av världens främsta universitetssjukhus. Förutom vårt särskilda ansvar för den högspecialiserade vården i Stockholmsregionen är huvuduppdraget att tillsammans med Karolinska Institutet utbilda framtidens vårdanställda och bedriva världsledande forskning samtidigt som vi fortsätter vårt arbete med att utveckla vården för patientens bästa. Vi arbetar inom en rad olika områden och professioner.



Vår vision - Vi ska bota och lindra imorgon det ingen kan bota och lindra idag.



Läs gärna mer om oss på https://www.karolinska.se/ och följ oss på sociala medier!

Funktion Medicinsk Diagnostik Karolinska

Funktion Medicinsk Diagnostik Karolinska är en sammanslagning av Karolinska Universitetslaboratoriet och Bild och Funktion med laboratorieverksamhet, radiologi, nuklearmedicin, medicinsk strålningsfysik, radiofarmaci och strålsäkerhet inom Karolinska Universitetssjukhuset.



https://www.karolinska.se/om-oss/teman-och-funktioner/medicinsk-diagnostik-karolinska/



https://www.karolinska.se/for-vardgivare/karolinska-universitetslaboratoriet//

Att söka jobb i Region Stockholm

Vi eftersträvar jämställdhet och jämlikhet på vår arbetsplats och ser gärna sökande med olika bakgrund och förutsättningar.


Vi tar endast emot ansökningar via detta system. Ansök genom att klicka på knappen ”Ansök”. Ansökningar per brev eller e-post beaktas inte. Vi undanber oss direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt säljare av ytterligare jobbannonser.


Vårt rekryteringssystem kan inte hantera anonyma ansökningar eller sökande med skyddade personuppgifter. Om du har skyddade personuppgifter ber vi dig att kontakta den kontaktpersonen som finns angiven i annonsen. Din ansökan kommer då att hanteras utanför rekryteringssystemet. Du bör även vara försiktig med vilken information du lämnar i din ansökan och endast ta med information som är relevant för den aktuella befattningen.


Region Stockholm ansvarar för hälso- och sjukvård, kollektivtrafik, regional utveckling och bidrar till kulturlivet. Varje dag, dygnet runt. I landets snabbaste växande region. Tillsammans skapar vi Europas attraktivaste storstadsregion.


https://www.regionstockholm.se/jobb Visa mindre

Vill du vara med och utveckla framtidens bioinformatiska verktyg för genomisk mikrobiologisk diagnostik? Har du erfarenhet av bioinformatik, programmering och ett intresse för forskning och samarbete i en högteknologisk miljö? Då kan du vara den vi söker till Klinisk mikrobiologi vid Karolinska Universitetssjukhuset!

Du erbjuds
möjlighet att arbeta med mikrobiologisk diagnostik av infektionssjukdomar
samarbeta med Karolinska Institutet inom forskning och undervisning
tillgång till specialanalyser och arbete med storskalig analysverksamhet med högteknologisk utrustning
en chans att arbeta med teknik i framkant och bidra till forskning och utveckling
aktivt deltagande i ett intensivt förändringsarbete inom ett område med snabb teknisk utveckling
ett stimulerande arbete i en dynamisk och föränderlig verksamhet.

Självklart får du också ta del av våra generella förmåner som Karolinska Universitetssjukhuset erbjuder dig.

Om tjänsten

Arbetet som bioinformatiker innebär att utforma och utveckla bioinformatiska verktyg för mikrobiologisk diagnostik och forskning, med fokus på helgenomsekvensering av mikroorganismer (bakterier, virus och svamp) samt mikrobiologisk metagenomik. Du kommer att arbeta med både utveckling och drift i nära samverkan med klinikanknutna bioinformatiker vid Karolinska Institutet och SciLifeLab samt klinikens molekylärbiologer, läkare och forskare.

Vi söker dig som
är initiativrik och flexibel, med förmåga att anpassa dig till en dynamisk verksamhet inom bioinformatik och mikrobiologisk diagnostik
kan arbeta och driva utvecklings- och driftprojekt självständigt samtidigt som du bidrar aktivt i gruppsamarbeten
är analytisk och har en god förmåga att prioritera samt arbeta effektivt med komplexa data och verktyg
arbetar strukturerat och resultatinriktat, med fokus på att utveckla och optimera bioinformatiska lösningar
har mycket god samarbetsförmåga och trivs med nära samarbete med forskare, kliniker och experter inom olika discipliner.
Kvalifikationer

Krav:

Magisterexamen inom data- eller livsvetenskaper från högskola eller universitet
Utmärkta kunskaper i bioinformatik inom genomik och NGS
Mycket goda programmeringskunskaper i Python och erfarenhet av att arbeta i Linux-miljö
Goda kunskaper i svenska i tal och skrift

Meriterande:

Disputerad inom bioinformatik, bioteknologi eller annat relevant ämnesområde
Erfarenhet av arbete med mikrobiella frågeställningar
Erfarenhet av arbete med system för versionskontroll (exempelvis git)
Erfarenhet av arbete i Nextflow
Erfarenhet av arbete med container-teknologier såsom Docker, Singularity eller Podman
Om rekryteringsprocessen

Urval och intervjuer sker fortlöpande under ansökningstiden och tjänsten kan komma att tillsättas innan sista ansökningsdag.

Varmt välkommen med din ansökan - Tillsammans är vi Karolinska!
Inför tillsättning av befattning som innefattar vård av barn och ungdom, kontrolleras den som erbjuds tjänsten mot misstanke- och belastningsregistret. https://www.karolinska.se/jobba-hos-oss/rekrytering-pa-karolinska/



Som anställd på Karolinska Universitetssjukhuset kan du komma att krigsplaceras. https://www.karolinska.se/jobba-hos-oss/var-arbetsplats/totalforsvarsplikt-allman-tjansteplikt-och-krigsplaceringar-pa-karolinska-universitetssjukhuset/



Om du är eller tidigare har varit anställd i Region Stockholm kommer vi att ta interna referenser från din nuvarande eller tidigare chef, om du blir aktuell för anställning.



Om Karolinska Universitetssjukhuset

Vi på Karolinska Universitetssjukhuset är stolta över att vi är ett av världens främsta universitetssjukhus. Förutom vårt särskilda ansvar för den högspecialiserade vården i Stockholmsregionen är huvuduppdraget att tillsammans med Karolinska Institutet utbilda framtidens vårdanställda och bedriva världsledande forskning samtidigt som vi fortsätter vårt arbete med att utveckla vården för patientens bästa. Vi arbetar inom en rad olika områden och professioner.



Vår vision - Vi ska bota och lindra imorgon det ingen kan bota och lindra idag.



Läs gärna mer om oss på https://www.karolinska.se/ och följ oss på sociala medier!

Funktion Medicinsk Diagnostik Karolinska

Funktion Medicinsk Diagnostik Karolinska är en sammanslagning av Karolinska Universitetslaboratoriet och Bild och Funktion med laboratorieverksamhet, radiologi, nuklearmedicin, medicinsk strålningsfysik, radiofarmaci och strålsäkerhet inom Karolinska Universitetssjukhuset.



https://www.karolinska.se/om-oss/teman-och-funktioner/medicinsk-diagnostik-karolinska/



https://www.karolinska.se/for-vardgivare/karolinska-universitetslaboratoriet//

Att söka jobb i Region Stockholm

Vi eftersträvar jämställdhet och jämlikhet på vår arbetsplats och ser gärna sökande med olika bakgrund och förutsättningar.


Vi tar endast emot ansökningar via detta system. Ansök genom att klicka på knappen ”Ansök”. Ansökningar per brev eller e-post beaktas inte. Vi undanber oss direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt säljare av ytterligare jobbannonser.


Vårt rekryteringssystem kan inte hantera anonyma ansökningar eller sökande med skyddade personuppgifter. Om du har skyddade personuppgifter ber vi dig att kontakta den kontaktpersonen som finns angiven i annonsen. Din ansökan kommer då att hanteras utanför rekryteringssystemet. Du bör även vara försiktig med vilken information du lämnar i din ansökan och endast ta med information som är relevant för den aktuella befattningen.


Region Stockholm ansvarar för hälso- och sjukvård, kollektivtrafik, regional utveckling och bidrar till kulturlivet. Varje dag, dygnet runt. I landets snabbaste växande region. Tillsammans skapar vi Europas attraktivaste storstadsregion.


https://www.regionstockholm.se/jobb Visa mindre

As long as the ad is visible, the position is still open! You can find the job description and application details at www.voxlbio.com/careers.
About the job
Are you passionate and eager to contribute to cutting-edge biotech research? Join our dynamic and innovative startup as a part of our research and development team in Stockholm, Sweden where you’ll play a vital role in developing groundbreaking molecular tools and advancing Spatial Biology research. We are currently a small team with big ambitions, if you are interested or have any questions, don’t hesitate to reach out.
Key Responsibilities:
Define strategies for computational and software solutions needed for the new technology in development
Develop and implement efficient algorithms and pipelines for fluorescence microscopy image analysis
Actively seek feedback internally and externally, and explore options to bring most value to users
Collaborate closely with lab scientists and build streamlined analysis solutions
Actively participate in R&D activities and present findings in team meetings.

Requirements:
Masters with relevant industry experience, Ph.D / Postdoctoral in Bioinformatics, Computer Vision, Computational Biology, Computer Science, or a related field.
Prior experience with image analysis and visualization.
Familiarity with spatial omics technologies, datasets and viewers is strongly preferred.
Knowledge about machine learning and its application in object segmentation.
Ability to critically analyze complex data and communicate results to a multidisciplinary team.
Strong programming skills and good coding practices. Ability to write high-quality production code.
Familiarity with workflow management. Experience with developing and deploying pipelines and/or packages is a plus.
Familiarity with cloud computing.
Attention to detail, excellent organizational skill and ability to learn in a fast-paced environment.
Up to date with the Spatial Biology field and/or computational biology field is strongly preferred.

What We Offer:
An opportunity to work in a collaborative and entrepreneurial environment at the forefront of biotech innovation.
Hands-on training and mentorship from experienced scientists.
Exposure to an exciting field interfacing Spatial Biology and AI, and opportunity to make substantial contributions with novel solutions.

If you’re excited about contributing to cutting-edge research and growing with a pioneering biotech startup, we’d love to hear from you!
How to Apply:
Send your CV and a brief cover letter to info@voxlbio.com. Please include "Image Analysis Scientist Application" in the subject line.




Öppen för alla
Vi fokuserar på din kompetens, inte dina övriga förutsättningar. Vi är öppna för att anpassa rollen eller arbetsplatsen efter dina behov. Visa mindre

Do you have experience in clinical trial data management? Are you looking for an opportunity to be part of an entrepreneurial and innovative company in the pharmaceutical industry?
Oncopeptides is looking to recruit a Clinical Data Manager to join the company. As a Clinical Data Manager, you will have an important role where you will be responsible for planning and execution of data management deliverables in clinical studies from the Sponsor side.
Oncopeptides is a science-driven, entrepreneurial company committed to introducing new medicines for patients with diseases where there are clear unmet needs. We have a values-driven culture and an inclusive organization that welcomes people with different backgrounds and perspectives. Your skills and experience within clinical data management will make a valuable difference for our patients and you will be collaborating with a team of dedicated, highly competent and friendly colleagues as well as external collaborators. If this sounds interesting to you - come join us!
 This is a recruitment for a permanent position at the Stockholm office and in this role you will report to the Chief Operating Officer. We evaluate candidates continuously and we welcome your application today.
RESPONSIBILITIES
As Clinical Data Manager, you will have overall accountability for data management activities and deliverables, to ensure high quality study data. This includes being responsible for the oversight of any data management tasks delegated to CRO and EDC vendors, or personally performing such activities depending on the study and its level of outsourcing.  You will work in close collaboration with the rest of the Sponsor study teams in your allocated studies, as well as with CRO and EDC vendors. You will also support other departments within Oncopeptides such as Commercial and Market Access with your data management expertise.
Main responsibilities include:

Plan and support data management activities in allocated studies across all phases of study conduct (planning, start up, during the study and at the end of a study)


Participate in selection of CRO vendor


Lead EDC vendor selection process if CRO’s proposal for EDC system is unsatisfactory


Be the primary point of contact for the EDC vendor when applicable


Provide strategic data management expertise to clinical study teams


Perform oversight to ensure data management deliverables for allocated studies are executed in compliance with the agreed scope of work, protocol, ICH-GCP, regulatory requirements and relevant SOPs, within the agreed timelines and expectations


Aid in maintaining a high data quality as a part of the sponsor oversight by being a cross-functional study team member, continuously reviewing e.g. DM plans and data deliverables from CROs which includes investigating implausible results


Actively drive and contribute to development of program- and study level data management processes and guidelines including SOP writing, implementation of new systems and processes and project data standards


Ensure data is compliant with CDISC/SDTM, which includes reviewing and approving SDTMs before finalization for a submission or any other key deliverable


Project lead the QC process for various regulatory documents by leading a team of fact checkers, statistician, medical writer and other functions as applicable.



QUALIFIACTIONS
Key qualifications for the position include:

University degree within a relevant field or equivalent (knowledge of science or a scientific background is preferred).


Multiple years of experience as a data manager in the pharmaceutical/CRO industry. Experience in oncology studies is an advantage.


Project management skills and ability to lead teams


Understanding of Good Clinical Practice, regulatory requirements and Good Data Management Practice


Knowledge of medical terminology


Familiarity with CDISC data standards


Basic or advanced skills in programming (e.g. SAS or R)


Fluency in Swedish and English, with excellent oral and written communication skills


As a person, you are structured, result-oriented, tech-savvy and thorough. You enjoy working both independently and in team settings. Importantly, you like to unravel and find solutions to problems and challenges and want to be part of a dynamic workplace where people matter and your contributions will make a positive impact.
If you are passionate about making a difference and have the skills and experience to excel in this role, we invite you to apply today!
ABOUT ONCOPEPTIDES
Oncopeptides AB (publ) is a biotech company focusing on research, development and commercialization of targeted therapies for difficult-to-treat cancers. We are science driven, entrepreneurial, and committed to bringing innovation to our patients. Our vision is to bring hope to patients through passionate people, innovative science and transformative drugs.
Oncopeptides is developing several new compounds based on its proprietary technology platforms and is listed on the Small Cap segment on Nasdaq Stockholm with the ticker ONCO.
Oncopeptides’ headquarters and laboratory are located in Stockholm, Sweden. Today the company consists of around 80 co-workers in total with a growing European organization. Visa mindre

vid Institutionen för biokemi och biofysik. Sista ansökningsdag: 2024-04-15.


SciLifeLab är ett nationellt center för molekylära biovetenskaper med fokus på forskning inom hälsa och miljö. Centret kombinerar ledande teknisk expertis med avancerat kunnande inom translationell medicin och molekylära biovetenskaper. SciLifelab är en nationell resurs som drivs av Karolinska Institutet, KTH, Stockholms universitet och Uppsala universitet. Centret samarbetar med flera andra lärosäten.

Administrativt kommer anställningen att placeras vid Institutionen för biokemi och biofysik, Stockholms universitet.

Vi letar efter en ny kollega som vill bidra till att etablera SciLifeLab nationella träningsstödsinsatser.

SciLifeLab Training Hub-teamet inom SciLifeLab fokuserar på att etablera infrastruktur, stöd och tjänster inom utbildning och det livslånga lärandet för SciLifeLab:s olika entiteter och grupper, med särskild tonvikt på att stödja och utbilda forskare och experter inom SciLifeLab. Målet är att all utbildning och träning som levereras från SciLifeLab ska vara öppet tillgänglig och FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable) för svenskbaserade forskare att konsumera.

Det nuvarande teamet på SciLifeLab Träningshub består av experter på pedagogik, träningsstöd, kommunikation och digital träning bland annat. Vårt stöd ligger inom Training life cycle dvs planera-designa-utveckla-leverera-utvärdera för kurser och träning. För att stärka vår kompetensprofil och komplettera teamet söker vi nu en utbildningsintresserad Data Steward (Scientific Training Officer) som kommer att fokusera på att etablera och bygga SciLifeLabs Open Science och FAIR-stöd inom training gentemot livsvetenskaperna inom och utom SciLifeLab.

Arbetsuppgifter


Generellt kommer du att arbeta mot att:


• Öka medvetenheten om vikten av Open Science och FAIR bland SciLifeLab experter och forskare.
• Utveckla delade arbetsprocesser och standarder med intressenter för att göra träning FAIR (med avseende på Training life cycle planera-designa-utveckla-leverera-utvärdera) med avseende på de kurser inom teknik- och datadriven livsvetenskap dvs det utbud av discipliner som återfinns inom SciLifeLab. 
• Bygga expertis inom Open Science och FAIR bland SciLifeLab experter och forskare som utbildar inom sina respektive expertisområden.

Specifikt kommer du arbeta mot:


• SciLifeLab kursportfölj inom det livslånga lärandet

• Stödja utveckling och leverans av träningsmoduler inom Open Science, FAIR och andra relaterade ämnen.
• Utveckla och leverera kurser inom de olika SciLifeLab områdena tillsammans med relevanta stakeholders såsom SciLifeLab-experter från plattformarna och affilierade forskare inom SciLifeLab.


• Träningsnätverk

• Stödja/facilitera SciLifeLab grupper och plattformar för att stärka deras Training life cycle strategi (planera-designa-utveckla-leverera-utvärdera).


• SciLifeLab Träningsportal

• Kvalitetssäkra att etablerad såväl som nytt SciLifeLab träningsmaterial, kursmaterial och resurser är FAIR (särskilt Findable och Reusable i vår träningsportal).
• Omvandla (i så stor utsträckning som möjligt) SciLifeLab Träningsmaterial och resurser till öppna lärresurser.
• Skapa nya resurser/riktlinjer för att stödja trainers/instruktörer/kursledare att implementera FAIR- och Open Science-aspekter i sina kurser och läraktiviteter.



Kvalifikationer
Krav


• En doktorsexamen eller motsvarande, t.ex. en masterexamen med flera års arbetslivserfarenhet, inom livsvetenskap eller utbildning/instruktion inom livsvetenskaperna
• Väl förtrogen med principerna för Open Science och FAIR, och deras tillämpning inom utbildning/instruktion
• Erfarenhet av versionskontrollsystem som Github, och reproducerbara arbetssätt (till exempel markdown, conda, etc)
• Mycket organiserad med förmågan att dokumentera åtgärder och processer, översätta mål till specifika uppgifter och prioritera samt tilldela/delegera uppgifter
• Förmåga att engagera andra människor att bidra och samarbeta om träningsverksamhet
• Erfarenhet av att arbeta med öppna projekt (detta kan vara öppen källkod, öppen forskning eller annat öppet delat samarbete)

Meriterande


• Erfarenhet av att arbeta med utbildning och/eller lärande med användning av relevanta metadatastandarder, ontologier och kontrollerade vokabulär kopplade till utbildning/instruktion/lärande är en fördel
• Erfarenhet av att utveckla och arbeta enligt standardiserade arbetsmetoder Erfarenhet av att arbeta med användarsupport.
• Erfarenhet av att arbeta i internationella samarbeten eller nätverk.

Betoning kommer att läggas på personlig lämplighet. Sökanden bör ha goda samarbets- och kommunikationsfärdigheter samt kunna vara självgående och självmotiverande. Du bör vara serviceinriktad och ha lätt för att anpassa dig till olika grupper och personer. Du bör också vara kvalitetsmedveten och resultatinriktad. Du bör kunna kommunicera utan svårighet på engelska (muntligt och skriftligt) då detta är arbetsspråket.

Anställningsvillkor
Anställningen avser heltid och gäller tills vidare med sex månaders provanställning. Stockholms universitet tillämpar individuell lönesättning, ange därför gärna löneanspråk. Tillträde snarast.

Stockholms universitet strävar efter att vara en arbetsplats som är fri från diskriminering och ger lika möjligheter för alla.

Kontakt
Närmare information om anställningen lämnas av, Head of Training vid SciLifeLab Training Hub, Docent Jessica Lindvall, tfn 070-710 63 47, jessica.lindvall@scilifelab.se.

Fackliga företrädare
Ingrid Lander (Saco-S), tfn 0708-16 26 64, saco@saco.su.se, Alejandra Pizarro Carrasco (Fackförbundet ST/OFR), tfn 08-16 34 89, alejandra@st.su.se, samt seko@seko.su.se (SEKO).

Ansökan
Du söker anställningen via Stockholms universitets rekryteringssystem. Du som sökande ansvarar för att ansökan är komplett i enlighet med annonsen och att den är universitetet tillhanda senast sista ansökningsdag.

Bifoga endast personligt brev och CV. Kopior på betyg och intyg tar du med vid en eventuell intervju.

Anvisningar för sökande finns på webbsidan: att söka en anställning.

Välkommen med din ansökan!

Stockholms universitet bidrar till det hållbara demokratiska samhällets utveckling genom kunskap, upplysning och sanningssökande. Visa mindre

The Swedish Museum of Natural History is a government agency with a mandate to promote knowledge, research and interest in our world. It is a prominent research institution and Sweden's largest museum. For more than 200 years, the museum has been collecting specimens and data and conducting research on life on earth. The collections contain more than 11 million plants, animals, fungi, environmental samples, minerals and fossils. All research and knowledge are shared in the exhibitions, Cosmonova and in activities at the museum and digitally.

The Department of Bioinformatics and Genetics consists of the DNA laboratory and a biodiversity informatics group, as well as the Center for PaleoGenetics (CPG), which is a collaboration with Stockholm University. A number of research groups are linked to these activities, which primarily conduct research based on large-scale sequencing of genomes or environmental samples to study biodiversity and evolutionary processes. Research is also conducted in the areas of ecosystem analysis, phylogenetic inference and biodiversity informatics.

WORK TASKS
The work tasks of the project will include DNA extractions from historical/ancient herring material (e.g. finclips, bones) and preparation of WGS libraries using appropriate protocols for degraded DNA. Data processing will involve the use of bioinformatics tools and pipelines suited to ancient DNA data, allowing to examine or correct for DNA damage (e.g. PMDtools, Generode), as well as the use of likelihood approach (e.g. ANGSD) to call SNPs in low coverage genomes. Data analyses will include analyses of genetic differentiation among historical and modern populations using factor analyses (FA) for neutral and non-neural markers. The successful candiate will also examine temporal shifts in genetic loci underlying ecological adaptation using genome scans and detection of outlier loci (e.g. FST). Finally, the project will involve future distribution modelling (e.g.Maxent) using current and future environmental variables and current herring occurrence data as well as genome-informed simulations (e.g. SLIM) to assess the future genomic consequences of warming sea temperature and associated changes in environmental conditions in herring populations. The candidate will then be expected to prepare manuscripts for publication in international high impact journals.

QUALIFICATIONS
Qualification requirements :
- PhD in Zoology.
- Ancient DNA laboratory experience: DNA extraction and library preparation from herring bones.
- Experience in processing of large modern and ancient genomic datasets.
- Experience in genomic analyses (PCA, tests of selection, identification of structural variants).
- Experience in forward simulations in SLIM.

OTHER

We advance our knowledge of the natural world, inspiring to better care of our planet. Our ambition is that the employees of The Swedish Museum of Natural History shall represent the diversity in Sweden and we welcome every applicant.

We have decided upon choices for marketing. Therefore we decline contact with sales agents, recruitment sites and similar. Visa mindre

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?
Vi är ett akademiskt forskningslabb vid Karolinska Institutet (KI) och SciLifeLab i Stockholm, Sverige (https://www.

hausserlab.org).

Vi utvecklar nya metoder för datavetenskap och AI, validerade av experiment in vitro och in vivo, för att avslöja hur cancerceller flyr immunförsvaret och vägleda immunterapeutiska interventioner.

Du får möjligheten att positionera dina experimentella färdigheter inom AI och datavetenskapsdriven transformation av biomedicin.

Ditt uppdrag
Du kommer att ha en central roll för både vår dagliga verksamhet som labb och för vår långsiktiga vetenskapliga potential. Dina ansvarsområden kommer att omfatta:

- Ta in experimentell och teoretisk expertis inom cancer och immunbiologi.
- Designa och utföra cellbiologiska och tumörimmunologiska experiment för att vägleda, kalibrera och validera vår datavetenskap och AI-metoder.
- Säkerställa smidig daglig drift av experimentlabbet, inklusive säkerhet och inventering.
- Mentorskap för labbmedlemmar i experimentella forskningsprojekt.
- Främja dina egna forskningsprojekt.
- Medförfatta manuskript, stödja bidragsskrivning.
- Tidvis stödja huvudutredaren med icke-experimentella administrativa uppgifter.

Kvalifikationer
- Forskningserfarenhet på doktorandnivå inom experimentell biologi, helst inom cancer och/eller immunologi.
- Erfarenhet av forskningstekniker för cancer och immunologi såsom immunfluorescensmikroskopi, 3D-cellodling, gnagarmodeller, FACS, NGS.
- En öppensinnad, kreativ, problemlösande attityd när det gäller att identifiera eller lära sig experimentella tillvägagångssätt som är mest lämpade för specifika vetenskapliga frågor
- God samarbets- och organisatorisk förmåga.
- Erfarenhet och meritlista av framgångsrika mentorstudenter.
- Ingen formell beräknings-/matematisk utbildning krävs för denna tjänst. Vi kommer dock att värdesätta förmåga och vilja att utveckla intuition för matematiskt tänkande vilket förutsätter ett framgångsrikt samarbete med bioinformatiker och matematiker på labbet.
- På samma sätt krävs inga praktiska beräkningsfärdigheter. Tidigare erfarenhet av R/python-skript, kör bioinformatikpipelines ( till exempel CellRanger , Samtools, STAR, Seurat, ...), kör bildanalyspipelines (som CellProfiler, ImageJ, Qpath, ...), eller använder en Linux-server via kommandoraden kommer att värderas.

Vad erbjuder vi?
- En möjlighet att positionera dina experimentella färdigheter inom den AI och datavetenskapsdrivna transformationen av biomedicin.
- Flexibilitet: Heltids- eller deltidsanställning är möjlig.
- En stimulerande vetenskaplig miljö och toppforskningsinfrastruktur. KI är bland världens främsta medicinska universitet och Nobelförsamlingen vid Karolinska Institutet utser pristagarna i fysiologi eller medicin.
- SciLifeLab som vi är anslutna till är det svenska nationella centrumet för molekylär biovetenskap med hög genomströmning, med världsledande forskning inom områden från rumslig biologi till cancer.
- Hög livskvalitet. Stockholm toppar konsekvent rankingen av städer med högsta livskvalitet över hela världen. 

En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet en statlig myndighet. Det gör att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal. Du får även träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar där utbildad personal finns på plats.  

Placering: Stockholm

Video om Karolinska Institutet, hur vi alla bidrar till en bättre hälsa för alla



Ansökan
Varmt välkommen med din ansökan senast den (datum).

Vi ser helst att din ansökan skrivs på engelska, men du kan även ansöka på svenska. En ansökan måste innehålla:

- Personligt brev (1 eller 2 sidor) där du beskriver hur din erfarenhet uppfyller våra kvalifikationskrav.
- Ett kortfattat CV
- En publikationslista

Välkommen att ansöka senast:  16:e december 2023.

Ansökan ska lämnas in genom rekryteringssystemet Varbi.

Ansökningar kommer att granskas löpande och vi kan komma att påbörja intervjuprocessen innan sista ansökningsdag.


Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss Visa mindre

Do you have a couple of years of experience in data analysis, image analysis, or machine learning? Moleculent is now hiring a Junior Data Analyst/Scientist to join our Analysis team.



You will have the opportunity to work towards a meaningful cause in a dynamic startup environment. You will work collaboratively with smart and friendly individuals in a very efficient and innovative team.

We are looking for a highly motivated individual who is looking forward to taking on new challenges with curiosity, enthusiasm, and personal commitment.

Moleculent is on a mission to develop advanced technology-enabled products that leverage on in-house-developed methods, to provide new insights on the molecular foundation of human biology. This is a chance for the right person to join a focused and dedicated company with a passion for developing a world-class product. The leading team behind Moleculent has a long experience of building successful companies and products in life science and diagnostics.

This is a permanent position based at Moleculent’s head office located in Solna, Stockholm. We will interview candidates continuously and welcome your application today!



About the position
You will be a part of the Analysis team that today consists of 5 people. Your main tasks will include developing and applying machine learning and analytic methods to extract information and to enhance the interpretability of the results; in addition, you will be involved in improving and maintaining tools and pipelines to automate data analysis and visualization, and generation of reports.

Additional duties will include collaborating closely with other data scientists to develop and implement analysis workflows, maintain and run pipelines, participate in troubleshooting sessions, and contribute to data investigation and interpretation.

Your profile
To fit the role, you have BSc/MSc in a relevant field, e.g., data science, computer science, engineering, physics, mathematics, computational biology or bioinformatics. A Ph.D. with demonstrated results in a data-intense field with applied data analysis skills is an advantage. Proficiency in written and spoken English and excellent communication skills are mandatory for effective collaboration within the team and company.

The ideal candidate should have at least one year of industry work experience in the filed of data analysis, image analysis, or machine learning. Work experience as a researcher in academia is also considered relevant experience. Strong programming skills in Python are essential for this role.

In addition to the required qualifications, valuable skills include experience in image analysis, bioinformatics, or with microscopy techniques.

To be successful in the Data Analyst/Scientist role, we believe that you have strong analytical skills and attention to detail. This includes the ability to put technical findings into context and being able to efficiently present them to colleagues with different domains of expertise.

It is important that you are focused on communication and teamwork and that you can stay comfortable and productive in a dynamic, fast-paced, and changing environment.

We believe in building a passionate, focused, transparent, world-class, and fun company culture. If you recognize yourself in these core values, we encourage you to apply for this exciting opportunity.

Reimbursement package includes equity-based compensation opportunities.

About the organization
We believe that our understanding of the molecular basis of human biology, in health and disease will increase radically in the coming ten years. This will lead to a vast improvement in therapies, diagnostics, and a new, fundamental understanding of our own biology.

Moleculent is on a mission to develop technology enabled products that leverage new insights into the molecular foundation of human biology.

https://www.moleculent.com/ Visa mindre

vid Institutionen för miljövetenskap. Sista ansökningsdag: 2023-10-13.

Institutionen för miljövetenskap är en av de större institutionerna vid naturvetenskapliga fakulteten. Institutionen består av fyra enheter med drygt 170 forskare, lärare, doktorander och teknisk/administrativ personal från mer än 30 olika länder. Forskning och undervisning bedrivs inom miljökemi, atmosfärvetenskap, biogeokemi och ekotoxikologi. Som medarbetare vid institutionen för miljövetenskap blir du en del av en dynamisk miljö med forskning av högsta klass och med stark internationell prägel.

Anställningen är placerad vid SciLifeLab som är ett nationellt forskningscenter för molekylär biovetenskap vid Karolinska institutets campus i Solna. SciLifeLab tillhandahåller infrastruktur för moderna molekylära teknologier och utgör ett samverkanscentrum för Stockholms universitet, Karolinska institutet, Kungliga Tekniska Högskolan och Uppsala universitet. Centret samlar ett brett spektrum av forskare över traditionella universitet- och institutionsgränser, för att underlätta samarbeten och tvärvetenskapliga studier inom två huvudfokusområden: hälso- och miljöforskning.

Projektbeskrivning
Exponering för luftföroreningar eller de hundratusentals kemikalier som förorenar vår miljö är riskfaktorer för många sjukdomar. Det har varit ett snabbt ökande intresse för huruvida miljöfaktorer modulerar epigenetiska modifieringar och därigenom påverkar genuttryck och fenotyp. Vi kombinerar experimentella modellsystem, omics-verktyg och molekylär epidemiologisk forskning för att studera hur gen-miljö-interaktioner kan påverka vår hälsa.

Vi söker en forskare med starka färdigheter inom epigenetik, bioinformatik/beräkningsbiologi. Denna tjänst innebär arbete med cell-, djur- och humandata för att studera mekanismer och hälsorisker kopplade till miljöfaktorer så som miljöföroreningar. Du kommer jobba, som en del av ett större team, i det ERC finansierade projekted PATER, med fokus på att öka förståelsen kring multigenerationellt epigenetiskt arv.

Arbetsuppgifter
Forskaren kommer att arbeta i docent Oskar Karlssons forskningsgrupp vid SciLifeLab i Solna. Huvuduppgiften är att analysera molekylär data (epigenom, transkriptom, proteom), i nära samarbete med övriga personer i gruppen. Den anställde förväntas hantera och analysera data, samt tolka och kommunicera resultat.

Behörighetskrav
Med postdoktor avses en arbetstagare som anställs i huvudsak för forskning och som har avlagt doktorsexamen eller har en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen.

Bedömningsgrunder
Examen ska vara avlagd senast då anställningsbeslutet fattas, dock högst tre år före sista ansökningsdag. Om det finns särskilda skäl, kan doktorsexamen ha avlagts tidigare. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer, tjänstgöring inom totalförsvaret, eller andra liknande omständigheter samt klinisk tjänstgöring eller för ämnesområdet relevant tjänstgöring/uppdrag.

Vid tillsättningen kommer särskild vikt att fästas vid vetenskaplig skicklighet inom bioinformatik/beräkningsbiologi. Vi söker en noggrann person med öga för detaljer, initiativförmåga och ansvarskänsla, samt god förmåga till både självständigt arbete och arbete i grupp.

Kvalifikationskrav:


• Doktorsexamen inom relevant område.
• Erfarenhet av forskningsarbete eller annat relevant arbete med inriktning mot bioinformatik.
• Erfarenhet av att analysera data i R eller Phyton.
• Erfarenhet av att utvärdera och analysera data från tex RNA-sekvensering, RRBS, WGBS, proteomik
• Utmärkta kunskaper i programmering med t.ex. R eller Phyton.
• Mycket goda muntliga och skriftliga kunskaper i engelska.

Önskvärt/meriterande i övrigt:


• Erfarenhet av användande av datorkluster och maskininlärning
• Kunskap/intresse för biomedicinsk forskning, toxikologi och koppling mellan miljö-hälsa
• Erfarenhet av att använda UNIX, Perl, eller andra relevanta miljöer.
• Erfarenhet av metodutveckling inom bioinformatik.
• Erfarenhet av avancerad bildanalys.

Anställningsvillkor
Anställningen avser heltid och gäller tills vidare, dock minst två år och högst tre år, med möjlighet till förlängning om det finns särskilda skäl. Tillträde enligt överenskommelse.

Stockholms universitet strävar efter att vara en arbetsplats som är fri från diskriminering och ger lika möjligheter för alla.

Kontakt
Upplysningar om anställningen lämnas av docent Oskar Karlsson, tfn 08-674 72 72, oskar.karlsson@aces.su.se.

Fackliga företrädare
Ingrid Lander (Saco-S), tfn 0708-16 26 64, saco@saco.su.se, Alejandra Pizarro Carrasco (Fackförbundet ST/OFR), tfn 08-16 34 89, alejandra@st.su.se, samt seko@seko.su.se (SEKO).

Ansökan
Du söker anställningen via Stockholms universitets rekryteringssystem. Du som sökande ansvarar för att ansökan är komplett i enlighet med annonsen och att den är universitetet tillhanda senast sista ansökningsdag.

När du ansöker ber vi dig att fylla i följande uppgifter


• dina kontakt- och personuppgifter
• din högsta examen
• dina språkkunskaper
• kontaktinformation för 2–3 referenspersoner

och att bifoga följande dokument


• personligt brev
• CV – examina och övriga utbildningar, arbetslivserfarenhet och publikationsförteckning
• projektplan/forskningsplan (bör ej överstiga 3 sidor) som beskriver:
– varför du är intresserad av det i annonsen beskrivna ämnet/projektet
– varför och hur du vill bedriva projektet
– vad som gör dig lämplig för det aktuella projektet
• kopia av bevis på doktorsexamen
• eventuella rekommendationsbrev (max 3 filer)
• egna publikationer som du önskar åberopa (max 3 filer).

Anvisningar för sökande finns på webbsidan: att söka en anställning.

Välkommen med din ansökan!

Stockholms universitet bidrar till det hållbara demokratiska samhällets utveckling genom kunskap, upplysning och sanningssökande. Visa mindre

vid Institutionen för biokemi och biofysik. Sista ansökningsdag: 2023-06-13.


SciLifeLab (www.scilifelab.se) är ett nationellt centrum för storskalig livsvetenskaplig forskning med en avancerad teknologisk infrastruktur. Vid SciLifeLab utförs multidisciplinär forskning baserad på DNA sekvensering, genexpressionsanalys, proteomik, bioinformatik, biostatistik och systembiologi. Målsättningen är att göra det möjligt för svenska forskare att analysera gener, transkript och proteiner i olika organismer i avsikt att klarlägga molekylära mekanismer relaterade till hälsa och miljö. Exempel på tematiska forskningsområden som för närvarande bearbetas inom SciLifeLab är klinisk genomik/proteomik, cancergenomik och komplexa sjukdomars genomik samt ekologisk och miljörelaterad genomik. Bioinformatik och systembiologi är centrala aktiviteter inom centret, och en betydande del av personalen vid SciLifeLab arbetar inom dessa områden.

National Genomics Infrastructure (NGI, https://ngisweden.scilifelab.se/about/) är den största tekniska plattformen på SciLifeLab. Det är en nationell resurs som erbjuder en toppmodern infrastruktur för DNA-sekvensering och SNP-genotypning till forskare över hela Sverige. Genom att ge tillgång till avancerad teknik inom genomik och tillhandahålla riktlinjer och stöd för provsamling, studiedesign, protokollval och bioinformatikanalys, hoppas vi kunna möjliggöra världsledande forskning.

Administrativt kommer anställningen att vara placerad vid Institutionen för biokemi och biofysik på Stockholms universitet

Arbetsuppgifter
Vi söker en vikarierande bioinformatiker till vårt produktionsteam på NGI som ska arbeta med kvalitetskontroll, analys och leverans av sekvensdata. Arbetet kommer även att innefatta utveckling, förbättring och underhåll av informatiklösningar för hantering av produktionens interna dataflöden. Fördelningen mellan de olika arbetsuppgifterna kommer att bero på den sökandes erfarenhet. Vi lägger stor vikt vid den sökandes personliga egenskaper, såsom god samarbetsförmåga, förmåga att arbeta självständigt, god organisationsförmåga och noggrannhet. En positiv attityd gentemot kollegor är en förutsättning.

Arbetsuppgifterna kommer bl a innefatta följande


• kvalitetskontroll och leverans av sekvensdata
• analys av sekvensdata enligt “best-practice” protokoll samt tolka och bedöma analysresultat
• systemadministration av centrala IT-system
• koordinering av programvaruinstallationer och underhåll av analysservrar
• automatisering av data- och analysflöden
• underhåll och utveckling av interna informationsdatabaser
• besvara supportärenden och kommunicera med externa beställare
• visualisering av processförlopp och resultat.

Kvalifikationer
Högskoleexamen inom bioinformatik eller datavetenskap, alternativt molekylärbiologi/bioteknik med inriktning mot databehandling eller motsvarande kompetens.


• Erfarenhet att arbeta med Python, Perl, Java eller  C/C++.
• Erfarenhet av arbete med versionshanteringsverktyg som git.
• Väl förtrogen med att arbeta i Linux-/Unixmiljö.
• Utmärkt kommunikations- och samarbetsförmåga.
• Obehindrat tala och skriva engelska.

Stor vikt kommer att fästas vid personlig lämplighet.

Anställningsvillkor
Anställningen avser ett vikariat på heltid under ett år. Universitet tillämpar individuell lönesättning, ange därför gärna löneanspråk. Tillträde snarast.

Stockholms universitet strävar efter att vara en arbetsplats som är fri från diskriminering och ger lika möjligheter för alla.

Kontakt
Närmare information om anställningen lämnas av, Ellen Sherwood, ellen.sherwood@dbb.su.se.

Fackliga företrädare
Ingrid Lander (Saco-S), tfn 0708-16 26 64, saco@saco.su.se, Alejandra Pizarro Carrasco (Fackförbundet ST/OFR), tfn 08-16 34 89, alejandra@st.su.se, samt seko@seko.su.se (SEKO).

Ansökan
Du söker anställningen via Stockholms universitets rekryteringssystem. Du som sökande ansvarar för att ansökan är komplett i enlighet med annonsen och att den är universitetet tillhanda senast sista ansökningsdag.

Bifoga endast personligt brev och CV. Kopior på betyg och intyg tar du med vid en eventuell intervju.

Anvisningar för sökande finns på webbsidan: att söka en anställning.

Välkommen med din ansökan!

Stockholms universitet bidrar till det hållbara demokratiska samhällets utveckling genom kunskap, upplysning och sanningssökande. Visa mindre

We are looking to fill two, 2-year positions as Postdoctoral researcher in metagenomics. The postdocs will employed by the Swedish Museum of Natural History and be supervised by Dr. Tom van der Valk at the Centre for Palaeogenetics (palaeogenetics.com). The positions are funded by a Wallenberg fellowship in Data-Driven Life Science and aimed at investigating biodiversity changes through space and time using (ancient) environmental DNA.

WORK TASKS
The postdocs will primary focus on the computational analyses of metagenomic DNA data obtained from complex samples (including snow, water, sediments, insect-traps and dental calculus). The aim is to develop computational tools that can identify species presence, as well as infer population genetic statistics from minute amounts of DNA. A wide variety of environmental samples and metagenomic sequence data is already present at the Centre for Paleogenetics, and the research projects will be adjusted according to the candidates main research interests. In addition, the postdocs will be encouraged to expand their research profile by developing their own new projects, applying for third-party funding and supervising students.

QUALIFICATIONS
The ideal candidate for these positions is a researcher with a PhD degree in genetics, biology, bioinformatics, or other relevant field. Strong knowledge of bioinformatics and computational genomics is essential, as is experience in handling sequence data using custom scripts and analysis pipelines. Additional relevant merits include:

- Experience in population genomics and computational analysis of (ancient) genomic data.
- Experience working in a Unix environment and strong programming skills (Bash, R, Python, Julia, etc.)
- Experience in computational pipeline development (e.g. Nextflow or Snakemake) Visa mindre

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Institutionen för medicinsk epidemiologi och biostatistik (MEB) är bland de största institutionerna inom epidemiologi i Europa och har ett särskilt fokus på att fördjupa vår kunskap om olika sjukdomars orsak.

Vår institution består av forskare, doktorander, biostatistiker, datainsamlare, databasadministratörer och administrativ personal, totalt cirka 250 anställda. Institutionen är belägen på campusområdet i Solna. Mer information finns på: ki.se/meb.


Cancergenomik-teamet vid MEB ansvarar för prospektiv DNA-analys av patientmaterial för stora randomiserade kliniska prövningar. Dessa omfattar >50 sjukhus i sex europeiska länder. De två största prövningarna är ProBio-studien (www.probiotrial.org) och ALASCCA-studien (https://ki.se/mmk/alascca-studien). Teamet leds av den seniora forskaren Johan Lindberg och ingår i en större forskningsmiljö (~25 personer) under ledning av professor Henrik Grönberg. ALASCCA-studien är ett samarbete mellan Anna Martlings forskargrupp (Institutionen för molekylär medicin och kirurgi (MMK), KI) och Henrik Grönbergs forskargrupp (MEB, KI).

Din roll

Varje vecka skickas prover till KI biobank för de prospektiva kliniska prövningarna. Dessa prover behöver tas om hand och förberedas för DNA-sekvensering enligt en avancerad process i vårt genomik-labb vid Science For Life Lab (https://www.scilifelab.se). Vi söker en ordningsam person för veckovis hantering av olika typer av vävnader med målet att utföra avancerad DNA-analys av högsta möjliga kvalitet. Denna tjänst är en tillsvidaretjänst. För frågor om rollen, kontakta Johan Lindberg. Kontaktuppgifter finns nedan. 

I tjänsten som forskningsingenjör ingår följande arbetsuppgifter:

1) DNA-extraktion från plasma, FFPE-vävnad, helblod samt färskfrusen vävnad.

2) Preparation av DNA-bibliotek för sekvensering på ett Illumina sekvenseringsinstrument.

3) Att utföra anrikning på DNA-biblioteket av valda regioner i det humana genomet genom så kallad ”in solution hybridisation based capture”.

4) Noggrann rapportering av de löpande resultaten från det veckovisa labb-arbetet enligt ett protokoll.

Vem är du?

Vi söker dig med en Master of science i relevant ämnesområdet samt med åtminstone fem års erfarenhet av labbande. Kandidaten förväntas kunna optimera våra interna processer, tidigare erfarenhet av att optimerat PCR eller ddPCR är därför ett krav. Det är också en fördel om du har arbetat med capture-protokoll.

Som person är du engagerad, öppen och har god samarbetsförmåga. Vi ser även att du kan arbeta på ett strukturerat och självgående sätt. 

Du kommer att lära dig laborativa processer för att utföra avancerad DNA-analys. Du kommer att arbeta i ett team av labbingenjörer, bioinformatiker samt akademisk personal. Miljön är kreativ och uppmuntrar vidareutveckling för att säkerställa din framtida attraktionskraft på arbetsmarknaden. Muntlig kommunikationsförmåga på engelska är ett krav då arbetsmiljön är internationell. Vi lägger stor vikt vid personliga egenskaper.

Vad erbjuder vi?

En kreativ och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet även en statlig myndighet. Det innebär att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal, generös semester och en bra tjänstepension. Du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och får ersättning för läkarvård.

Placering: Solna

https://ki.se/om-ki/tio-skal-att-valja-karolinska-institutet



Ansökan

Varmt välkommen med din ansökan senast den 2 mars 2023.

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi. I denna rekrytering söker du med ditt CV utan personligt brev. I ansökningsformuläret kommer du istället att få svara på några frågor om varför du söker jobbet. 

Vid tillsvidareanställning tillämpar Karolinska Institutet 6 månaders provanställning.

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss Visa mindre

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?
Du kommer att ingå i de dynamiska och samarbetsvilliga grupperna med professor https://ki.

se/cns/maja-jagodics-forskargrupp-0 och professor https://ki.se/cns/fredrik-piehls-forskargrupp-0 vid Institutionen för klinisk neurovetenskap, där du får möjlighet att bidra till interaktiv forskning som drivs av relevanta kliniska frågor och som kombinerar mekanistisk förståelse av multipel skleros (MS) med stark klinisk expertis. Teamen ingår i Karolinska Neuroimmunology and Multiple Sclerosis (KNIMS), ett nätverk som samlar omkring 60 forskare som arbetar med olika aspekter av MS-patogenesen, inklusive genetik, epidemiologi, immunologi och epigenetik, med utmärkta kliniska kohorter och experimentella modeller. Du kommer därför att dra nytta av en mycket samarbetsvillig och engagerad forskningsmiljö som är engagerad i att utforska innovativa translationella idéer inom precisionsmedicin, där du kommer att ha möjlighet att bedriva forskning på högsta internationella nivå inom området.

Din roll
Vi strävar efter att avslöja molekylära mekanismer som ligger till grund för neuroinflammation och neurodegeneration vid MS genom att använda både storskaliga omikmetoder i unika kliniska prover i kombination med funktionella experiment. MS är en ledande orsak till progressivt funktionshinder hos unga vuxna och en mycket heterogen sjukdom med avseende på klinisk presentation och behandlingssvar. Du kommer att implementera bioinformatiska pipelines för att analysera data från t.ex. nästa generations sekvenseringstekniker (NGS) och förhöra flera omikslag med hjälp av epigenetisk och transkriptomisk analys från bulkvävnad och enskilda celler. Arbetet kommer att omfatta utformning av analysen, databehandling, kvalitetskontroll, statistisk analys, visualisering av data, tolkning och presentation i form av vetenskapliga publikationer, bidragsansökningar och vid möten och konferenser. Den sökande förväntas interagera med många medarbetare vid KI och externt och bidra till att enheten fungerar effektivt.

Vem är du?
Vi söker dig som delar vår passion för translationell forskning, som är redo att gå med i vårt mycket samarbetsvilliga team och som är mycket motiverad att utföra beräkningsarbete. Du måste ha en masterexamen inom ett relevant område.

Krav

- Examen i biovetenskap inom området beräkningsvetenskap/biologi
- Goda kunskaper i programmering, särskilt i R
- Dokumenterade färdigheter i analys, visualisering och tolkning av omikdata
- Dokumenterade kunskaper i statistik
- Erfarenhet av högpresterande databehandling
- Förmåga att hantera multitasking
- Goda kunskaper i engelska i tal och skrift

Meriter

Du bör också ha god kommunikationsförmåga och dokumenterad förmåga att samarbeta professionellt. Erfarenhet av NGS-baserad omikanalys (t.ex. analys av RNA, metylom, öppet kromatin i bulk eller enskilda celldata) i samband med en komplex mänsklig sjukdom kommer att betraktas som en extra merit.

Vad erbjuder vi?
En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet en statlig myndighet. Det gör att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal. Medarbetare på KI erbjuds också möjlighet till ett flexibelt arbetssätt. Det innebär att om den verksamhet du jobbar i tillåter, så kan du arbeta en del av din arbetstid på distans. Du får även träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar där utbildad personal finns på plats.  

Placering: Solna

https://ki.se/cns
https://ki.se/cns/maja-jagodics-forskargrupp-0

 



 

Ansökan
Varmt välkommen med din ansökan senast den 29 januari 2023.

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi. I denna rekrytering söker du med ditt CV utan personligt brev. I ansökningsformuläret kommer du istället att få svara på några frågor om varför du söker jobbet. 

 

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss! Visa mindre

The Swedish Museum of Natural History is one of the leading institutions of its kind in Europe. It combines a venerable tradition and unique collections with cutting-edge research in geology, paleontology and biology.

The department of Bioinformatics and Genetics was formed in 2013 and brings together museum activities in informatics and genetics. The Centre for Palaeogenetics is a research centre jointly funded by Stockholm University and the Swedish Museum of Natural History.

WORK TASKS
The Department of Bioinformatics and Genetics invites applications for a four-year PhD position based at the Centre for Palaeogenetics in Stockholm. The project is aimed at analysing environmental DNA from both ancient sediments and modern samples. The analyses will use state-of-the-art genomic methods as well as development of new bioinformatic tools, aimed at analysing complex metagenomic samples. The PhD project is part of a 5-year research programme funded by the Wallenberg foundation. The goals of this research programme are to develop and apply computational tools to investigate to possibilities of biodiversity monitoring using environmental DNA and tracking of species distribution through time using ancient sediment DNA. The PhD student will join the research group led by Tom van der Valk (see http://palaeogenetics.com/tom-van-der-valk/).

QUALIFICATIONS
In order to meet the general entry requirements, the applicant must have completed a second-cycle degree, completed courses equivalent to at least 240 higher education credits, of which 60 credits must be in the second cycle, or have otherwise acquired equivalent knowledge in Sweden or elsewhere.

In order to meet the specific entry requirements, the applicants must have completed at least 120 higher education credits in biology, and at least 30 credits from a degree project within population genetics, molecular systematics, evolutionary biology, ecology, bioinformatics, conservation biology or a similar subject. The qualification requirements must be met before the start of the employment.

Only a person who will be or has already been admitted to a postgraduate education at a university may be employed as doctoral student.

Selection
The selection among the eligible candidates will be based on their capacity to benefit from the training. The following criteria will be used to assess this capacity: the candidates documented knowledge in a relevant field of research, written and oral proficiency in English, the capacity for analytical thinking, the ability to collaborate, as well as creativity, initiative, and independence. The assessment will be based on previous experience and grades, the quality of the degree project, references, relevant experience, interviews, and the candidates written motivation for seeking the position. In addition, experience in:

• population genetics
• analysing of DNA/RNA sequence data (Nanopore, Pacbio and/or Illumina)
• generation and analysis of sequence data from challenging samples (environmental, non-invasive and/or ancient)
• working with bash command line and Python/R
• working on a high-performance computer cluster
• molecular lab techniques (DNA extraction from challenging samples, DNA sequence library preparation, PCR)
• working with endangered or extinct species and experience with the challenges related to those (ethical, field-work, sample-collection)
• a strong interest in biodiversity

are important qualifications.

OTHER
Please include the following documents:
• Cover letter (maximum 1 page)
• CV – degrees and other completed courses, relevant skills, work experience and a list of degree projects/theses
• Degree projects/theses
• Contact details for two references.
The Swedish Museum of Natural History strives for gender balance, and ethnic and cultural diversity among its staff. Visa mindre

vid Institutionen för biokemi och biofysik. Sista ansökningsdag: 2022-03-28.


SciLifeLab, Science for Life Laboratory, är ett nationellt center för molekylära biovetenskaper i Sverige, som utvecklar och underhåller unik forskningsinfrastruktur, tjänster och dataresurser för livsvetenskaplig forskning. SciLifeLabs främsta mål är att möjliggöra banbrytande, mångvetenskaplig forskning och främja att forskningen tillämpas till nytta för samhället. Cirka 200 forskargrupper, 1 500 forskare och 40 nationella infrastrukturenheter är kopplade till SciLifeLab.

SciLifeLab och Wallenbergs nationella program för datadriven livsvetenskap (DDLS) är ett 12-årigt initiativ som fokuserar på datadriven forskning, inom områden som är grundläggande för att förbättra människors liv, upptäcka och behandla sjukdomar, skydda biologisk mångfald och bidra till hållbar utveckling. Programmet avser att utbilda och rekrytera nästa generation av forskare inom datadriven livsvetenskap samt att skapa starka och internationellt konkurrenskraftiga beräknings- och datavetenskapliga forskningskapaciteter inom svensk livsvetenskap. Programmet avser även att stärka nationella samarbeten mellan lärosäten, överbrygga klyftan mellan de data- och livsvetenskapliga forskarsamhällena, samt etablera partnerskap med industri, hälso- och sjukvård och andra nationella och internationella aktörer.

Som en del DDLS-programmet erbjuder SciLifeLabs plattform för bioinformatik (NBIS) stöd till vetenskapligt framstående projekt vid svenska universitet. NBIS är en stor nationell infrastruktur med ca 100 medarbetare, som tillhandahåller avancerad support, infrastruktur och utbildning till svenska forskare inom biovetenskaperna.

Vi söker nu en bioinformatiker med expertis inom strukturbiologi till NBIS support-grupp, för att etablera strukturbiologi som en ny nationell stödfunktion som en del av DDLS-initiativet.

SciLifeLabs nya plattform för integrerad strukturbiologi och andra stora initiativ som MAX IV och ESS placerar Sverige i en unikt stark position för strukturbiologisk forskning, och tillsammans med de framsteg inom proteinstrukturprediktion som nyligen gjorts är detta ett snabbt evolverande fält av betydelse för många forskningsområden.

Support-gruppen består i nuläget av närmare 60 seniora heltidsanställda bioinformatiker, med expertis inom dataanalys för många olika biovetenskapliga tekniker och forskningsfält.

Vi söker nu skickliga kandidater för att etablera nationell bioinformatik-support huvudsakligen fokuserad på analys av data från kryoelektronmikroskopi (cryo-EM). Denna tjänst kommer att utvecklas i nära samarbete med SciLifeLabs enhet för cryo-EM, som har ledande utrustning och expertis inom cryo-EM partikelanalys, kryoelektrontomografi (cryo-ET) och microED, och tillhandahåller erbjuder tjänster från provoptimering till datainsamling till mer än 150 forskargrupper i Norden. Dessa tjänster kommer nu kompletteras med avancerat bioinformatikstöd för cryo-EM, innefattande bildbehandling, strukturbestämning och modellanalys, och med starka kopplingar till andra tekniker inom strukturbiologi och strukturprediktionsmetoder.

Du kommer att arbeta i en spännande forskningsmiljö och med ett spektrum av intressanta projekt i samarbete med olika forskargrupper. Vi erbjuder ett starkt medarbetarnätverk och den breda expertisen inom NBIS, Cryo-EM-enheten och SciLifeLab som helhet utgör ett utmärkt forum för att ta till sig den senaste kunskapen. Förutom dataanalyser inom forskningsprojekt inkluderar arbetet undervisning på avancerade nationella kurser samt potentiellt utveckling av metoder och dataresurser i nära samarbete med SciLifeLab Data Centre och de kommande DDLS Data Area Nodes.

Anställningen är placerad vid SciLifeLab Stockholm, som är beläget vid Karolinska Institutet i Solna.

Arbetsuppgifter
Den anställde kommer att:


• Utföra avancerade dataanalyser inom nationellt prioriterade projekt.
• Potentiellt utveckla verktyg och arbetsflöden för sådana analyser.
• Lära ut bioinformatik till andra forskare genom att samarbeta inom projekt, undervisa på nationella kurser och delta i konsultationer.
• Bidra till den löpande utvecklingen av NBIS, Cryo-EM-enheten och DDLS-programmet på en nationell nivå.

Kvalifikationer
Vi söker en driven forskare med gedigen bakgrund och stort intresse för datormetoder för analys av molekylära strukturer.
Den sökande ska:


• ha doktorsexamen inom bioinformatik, datavetenskap, strukturbiologi eller annat relevant område.
• Vara mycket erfaren inom datoranalys av tredimensionella proteinstrukturer eller mjukvaruutveckling för cryo-EM.
• Behärska ett eller flera programmeringsspråk på avancerad nivå.
• Flytande behärska talad och skriven engelska.
• Vara mycket skicklig på att samarbeta och kommunicera med andra.

Postdoktorala studier är en stark merit men inte ett krav. Erfarenhet med verktyg för strukturprediktion, som Rosetta och AlphaFold, är en stark merit. Färdigheter i experimentell design skulle vara en fördel. Stor vikt kommer läggas vid personlig lämplighet.

Anställningsvillkor
Anställningen avser heltid och gäller tills vidare med sex månaders provanställning. Stockholms universitet tillämpar individuell lönesättning. Tillträde enligt överenskommelse. 

Stockholms universitet strävar efter att vara en arbetsplats som är fri från diskriminering och ger lika möjligheter för alla.

Kontakt
Närmare information om anställningen lämnas av NBIS Bioinformatics Support Manager, Pär Engström, par.engstrom@scilifelab.se, tfn 08-16 22 44, och Head of Cryo-EM Unit, Marta Carroni, marta.carroni@scilifelab.se, tfn 08-16 10 13.

Fackliga företrädare
Ingrid Lander (Saco-S), tfn 0708-16 26 64, saco@saco.su.se, Alejandra Pizarro Carrasco (Fackförbundet ST/Lärarförbundet), tfn 08-16 34 89, alejandra@st.su.se, samt seko@seko.su.se (SEKO).

Ansökan
Du söker anställningen via Stockholms universitets rekryteringssystem. Du som sökande ansvarar för att ansökan är komplett i enlighet med annonsen och att den är universitetet tillhanda senast sista ansökningsdag.

Bifoga endast personligt brev och CV. Kopior på betyg och intyg tar du med vid en eventuell intervju.

Anvisningar för sökande finns på webbsidan: att söka en anställning.

Välkommen med din ansökan!


Stockholms universitet bidrar till det hållbara demokratiska samhällets utveckling genom kunskap, upplysning och sanningssökande. Visa mindre

vid Institutionen för biokemi och biofysik. Sista ansökningsdag: 2022-02-10.


Science for Life Laboratory (SciLifeLab) är ett nationellt centrum för molekylär biovetenskap med fokus på hälso- och miljöforskning. Kombinationen av den mycket tvärvetenskapliga kompetensen och forskningsprojekten vid institutionen är unik i Sverige och även på internationell nivå. Denna expertis sträcker sig över cellbiologi, biokemi, biofysik och teori.

Den nationella forskarskolan i naturvetenskap har i sitt pedagogiska utvecklingsarbete fokuserat på att förbättra DBB:s bioinformatikkurs på MS-nivå. Tekniker som implementerats inkluderar undervisning i flippad klassrum, videoföreläsningar, Learning Management Systems, automatiserade examinationer, och virtualisering av laboratorieövningar. Väsentliga hård- och mjukvaruresurser och tekniker har samlats. Godkända betyg och studentnöjdhet har ökat. Målet att skapa en Massively Open Online Course (MOOC) i bioinformatik har fortfarande inte uppnåtts. Vi siktar också på att publicera våra pedagogiska tekniker och läromedel. Nu planeras att tillsammans med annan forskare ansöka om fortsatt finansiering från flera källor.

Aktuella forskningsområden ledda av studierektor Samuel Flores inkluderar tillämpningen av Deep Learning på RNA-strukturförutsägelse. I detta samarbetar han med Arne Elofssons forskargrupp. Utveckling har också gjort av modellbyggande tekniker för virala genom med hjälp av lågupplösta densitetskartor, t.ex. från Cryo Electron Microscopy. Det virala genomprojektet är ett samarbete med Ji?í ?erný- och Pavel Plevka-grupperna från Tjeckien.

Arbetsuppgifter
Bioinformatikern vi söker kommer att utvärdera, dokumentera och förbättra bioinformatikundervisningsteknikerna, och i synnerhet skapa en Massively Open Online Course (MOOC) i bioinformatik. Arbetet ska publiceras i en pedagogisk eller lämplig ämnestidskrift. Det finns möjlighet att hålla utvalda föreläsningar inom bioinformatik på MS-nivå inom bioinformatikerns kompetensområden.

Om tiden tillåter kan bioinformatikern också delta i vetenskaplig forskning. Forskningserfarenhet inom beräkningsstrukturbiologi, nukleinsyrastruktur, maskininlärning (särskilt djupinlärning) och/eller förutsägelse av makromolekylär struktur i 2D och 3D är därför meriterande.

Kvalifikationer


• Doktorsexamen i bioinformatik, datavetenskap, molekylärbiologi, biokemi, biomedicinsk vetenskap, bioteknik, naturvetenskaplig utbildning eller liknande disciplin.
• Vetenskapliga publikationer inom de tidigare nämnda områdena beräkningsbiologi eller i den pedagogiska litteraturen.
• Tidigare undervisningserfarenhet, lärarutbildningar eller andra bevis på pedagogiska intressen.

Som person bör du vara ansvarsfull, flexibel samt tycka om lagarbete. Då du kommer arbeta med studenter är det viktigt med tålamod. Stor vikt kommer att läggas vid personlig lömplighet. 

Följande krävs inte men kan stärka din ansökan:


• Programmeringskunskaper, t.ex. i C++ eller Python.
• 3D molekylär modellering och simuleringsfärdigheter

Anställningsvillkor
Anställningen avser heltid och gäller under högst ett år. Stockholms universitet tillämpar individuell lönesättning, ange därför gärna löneanspråk. Tillträde snarast.

Stockholms universitet strävar efter att vara en arbetsplats som är fri från diskriminering och ger lika möjligheter för alla.

Kontakt
Närmare information om anställningen lämnas av, Samuel Flores, samuel.flores@scilifelab.se. 

Fackliga företrädare
Ingrid Lander (Saco-S), tfn 0708-16 26 64, saco@saco.su.se, Alejandra Pizarro Carrasco (Fackförbundet ST/Lärarförbundet), tfn 08-16 34 89, alejandra@st.su.se, samt seko@seko.su.se (SEKO).

Ansökan
Du söker anställningen via Stockholms universitets rekryteringssystem. Du som sökande ansvarar för att ansökan är komplett i enlighet med annonsen och att den är universitetet tillhanda senast sista ansökningsdag.

Bifoga endast personligt brev och CV. Kopior på betyg och intyg tar du med vid en eventuell intervju.

Anvisningar för sökande finns på webbsidan: att söka en anställning.

Välkommen med din ansökan!


Stockholms universitet bidrar till det hållbara demokratiska samhällets utveckling genom kunskap, upplysning och sanningssökande. Visa mindre

Do you want to contribute to top quality medical research?
We are looking for up to two ambitious bioinformaticians with solid genome-wide bioinformatics/computational biology skills to join our highly accomplished team of immunologists in two European Research Council (ERC)-funded projects (GUT-SEQ and RESIDE).

We offer a stimulating environment in a rapidly moving research frontier. The successful candidate will be part of a cluster of other bioinformaticians working on similar topics.

Your mission
https://ki.se/en/medh/jenny-mjosberg-group and https://ki.se/en/medh/niklas-bjorkstrom-group groups hosting these two positions (one in each group) study development, regulation and function of human innate lymphoid cells (ILCs), including natural killer cells, and how these cells contribute to pathology and normal homeostasis in organs such as lung, gut, liver and uterus. The studies are translational as they involve advanced basic molecular and cellular immunological investigations of precious human tissue samples to discover novel disease mechanisms and therapy targets. The Mjösberg group consists of 2 PhD students and 4 postdocs and is internationally recognized as a leader in the ILC-field through several high impact publications in recent years (Nat Immunol 2016, JACI 2019, Cell Res 2021). The Björkström group consists of 3 PhD students and 4 postdocs and has a strong track-record working on human NK cells in tissues (Sci Immunol 2021, 2020, Sci Trans Med 2021 x2). Both groups work closely together with clinical partners at several Swedish hospitals and laboratory facilities at Science for Life Laboratories (SciLifeLab), Karolinska Institutet and abroad. The bioinformaticians will work in close collaboration with all members of the respective teams to continue the successful line of investigations utilizing single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) and ATAC-seq to dissect human ILC biology in health and disease.

The bioinformatician will be a part of the Center for Infectious Medicine (CIM), Karolinska Institutet, which is a nationally leading and internationally competitive center for human translational immunology and infectious diseases research. The center consists of approximately 25 graduate students and 20 postdocs organized around 17 independent research groups. Importantly, the bioinformatician will also be part of a newly formed https://ki.se/cbb at the Karolinska Flemingsberg Campus which aims at creating a cutting-edge world-leading bioinformatic hub. The CBB facilitates access to the bioinformatics community at the campus and offers mentoring and career-development support.

We are seeking up to two PhDs that will work as an integrated bioinformatician in our teams, being involved in several ongoing projects. We already have large sets of high-throughput sequencing data including scRNA-seq (SMARTseq2 and 10X Genomics) and ATAC-seq data as well as multicolor flow cytometry data of human ILCs, which will be analyzed in close collaboration with other team members and other bioinformaticians at SciLifeLab and CBB.

Your profile
The candidate must hold a PhD in the field of computer science/bioinformatics/computational biology. The candidate should have been trained in computer science/bioinformatics/computational biology during her/his bachelor-, master- or PhD degree. The candidate should master (requirement) R and Python (be proficient in Python Data Stack tools such as NymPY, SciPY, Pandas, scikit), and have solid Unix/Linux experience and statistical knowledge. Experience working in version-controlled systems is a merit as well as experience from Matlab/Octave and C. Experience with high-performance computing for analysis is another merit. The candidate should have experience in genome-wide NGS data and in particular in working with scRNAseq from FASTQ to analyzed data, both with 10X, SS2 and other formats. Ability to formalize biological questions into computational models in order to consult and advise on experimental design before data generation is another merit. The candidate should be self-motivated, have good communications skills and a proven ability to interact effectively and work productively in an interdisciplinary team. Fluency in English is a requirement.

What do we offer?
Karolinska Institutet is one of the world's leading medical universities. Our vision is to pursue the development of knowledge about life and to promote better health for all. At Karolinska Institutet, we conduct innovative medical research and provide the largest range of biomedical education in Sweden. Karolinska Institutet is a state university, which entitles employees to several benefits such as extended holiday and a generous occupational pension. Employees also have free access to our modern gym and receive reimbursements for medical care.

Location: Flemingsberg

https://ki.se/en/medh/center-for-infectious-medicine
Read more about the projects you will be working on: https://cordis.europa.eu/project/id/850963or https://cordis.europa.eu/project/id/948692



Application
An employment application must contain the following documents in English or Swedish:

- A complete resumé, including date of the thesis defence, title of the thesis, previous academic positions, academic title, current position, academic distinctions, and committee work
• A complete list of publications
• A summary of current work (no more than one page)
• A personal letter explaining the interest in the position
• Contact details for two referees

Welcome to apply at the latest 2021-06-06.

The application is to be submitted through the Varbi recruitment system.

Want to make a difference? Join us and contribute to better health for all Visa mindre

vid Institutionen för miljövetenskap. Sista ansökningsdag: 2021-08-22.

SciLifeLab är ett nationellt forskningscenter för molekylär biovetenskap vid Karolinska institutets campus i Solna. SciLifeLab tillhandahåller infrastruktur för moderna molekylära teknologier och utgör ett samverkanscentrum för Stockholms universitet, Karolinska institutet, Kungliga Tekniska Högskolan och Uppsala universitet. Centret samlar ett brett spektrum av forskare över traditionella universitet- och institutionsgränser, för att underlätta samarbeten och tvärvetenskapliga studier inom två huvudfokusområden: hälso- och miljöforskning.
Stockholms universitet är bland världens högst rankade lärosäten inom miljövetenskap. Institutionen för miljövetenskap är en multidisciplinär institution som samlar ca 200 anställda forskare, doktorander och teknisk/administrativ personal från flera områden inom naturvetenskap, och över 30 länder, för att studera olika miljöfenomen.

Projektbeskrivning
Exponering för luftföroreningar eller de hundratusentals kemikalier som förorenar vår miljö är riskfaktorer för många sjukdomar. Det har varit ett snabbt ökande intresse för huruvida miljöfaktorer modulerar epigenetiska modifieringar och därigenom påverkar genuttryck och fenotyp. Vi kombinerar experimentella modellsystem, omics-verktyg och molekylär epidemiologisk forskning för att studera hur gen-miljö-interaktioner kan påverka vår hälsa.
Vi söker en forskare med starka färdigheter inom epigenetik, bioinformatik/beräkningsbiologi. Denna anställning innebär arbete med cell-, djur- och humandata för att studera mekanismer och hälsorisker kopplade till miljöfaktorer så som miljöföroreningar. Du kommer jobba, som en del av ett större team, i det ERC finansierade projekted PATER, med fokus på att öka förståelsen kring multigenerationellt epigenetiskt arv.

Arbetsuppgifter
Forskaren kommer att arbeta i docent Oskar Karlssons forskningsgrupp vid SciLifeLab i Solna. Huvuduppgiften är att analysera molekylär data (epigenom, transkriptom, proteom), i nära samarbeta med övriga personer i gruppen. Den anställde förväntas hantera och analysera data, samt tolka och kommunicera resultat.

Behörighetskrav
En forskare anställs i huvudsak för forskning och ska ha avlagt doktorsexamen eller har en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen.

Bedömningsgrunder
Vid tillsättningen kommer särskild vikt att fästas vid vetenskaplig skicklighet inom bioinformatik/beräkningsbiologi. Vi söker en noggrann person med öga för detaljer, initiativförmåga och ansvarskänsla, samt god förmåga till både självständigt arbete och arbete i grupp.

Stor vikt kommer att fästas vid:


• Erfarenhet av forskningsarbete (t.ex. doktorsexamen) eller annat relevant arbete med inriktning mot bioinformatik.
• Erfarenhet av att analysera data i R eller Phyton.
• Erfarenhet av att utvärdera och analysera data från tex RNA-sekvensering, RRBS, WGBS, proteomik
• Utmärkta kunskaper i programmering med t.ex. R eller Phyton.
• Mycket goda muntliga och skriftliga kunskaper i engelska.

Önskvärt/meriterande i övrigt:


• Erfarenhet av användande av datorkluster och maskininlärning
• Kunskap/intresse för biomedicinsk forskning, toxikologi och koppling mellan miljö-hälsa
• Erfarenhet av att använda UNIX, Perl, eller andra relevanta miljöer.
• Erfarenhet av metodutveckling inom bioinformatik.
• Erfarenhet av avancerad bildanalys

Anställningsvillkor
Anställningen avser heltid och gäller två år, med möjlighet till förlängning. Tillträde i september eller enligt överenskommelse.

Stockholms universitet strävar efter att vara en arbetsplats som är fri från diskriminering och ger lika möjligheter för alla.

Kontakt
Upplysningar om anställningen lämnas av docent Oskar Karlsson, oskar.karlsson@aces.su.se.

Fackliga företrädare
Ingrid Lander (Saco-S), tfn 0708-16 26 64, saco@saco.su.se, Alejandra Pizarro Carrasco (Fackförbundet ST/Lärarförbundet), tfn 08-16 34 89, alejandra@st.su.se, samt seko@seko.su.se (SEKO).

Ansökan
Du söker anställningen via Stockholms universitets rekryteringssystem. Du som sökande ansvarar för att ansökan är komplett i enlighet med annonsen och att den är universitetet tillhanda senast sista ansökningsdag.

Anvisningar för sökande finns på webbsidan: att söka en anställning.

OBS! Den fullständiga annonsen hittar du på Stockholms universitets webbplats www.su.se/jobb.

Välkommen med din ansökan!


Stockholms universitet bidrar till det hållbara demokratiska samhällets utveckling genom kunskap, upplysning och sanningssökande. Visa mindre

Arbetsbeskrivning
Vi söker nu en erfaren Technical Support Specialist till Tecan Nordic. Tecan är ett globalt företag som säljer automatiserade lösningar för klinisk diagnostik. Vi söker dig som har tidigare erfarenhet av en technical support roll, gärna från Life Science industrin, och som är serviceinriktad, kommunikativ lösningsfokuserad. Tjänsten är placerad i centrala Stockholm med tillträdesdatum så snart som möjligt i överenskommelse med rätt kandidat.  

Ansvarsområden
I rollen som Technical support Specialist kommer du vara ansvarig för att ge bästa möjliga service till Tecans kunder via mail och telefon. Du kommer tillhöra helpdesk och vara behjälplig i tekniska frågor rörande företagets produkter. Detta kan innefatta frågeställningar gällande både hårdvara och mjukvara. I rollen agerar du som first line support och gör en första bedömning av ärendet och hur man ska gå vidare. I många fall kommer du själv att kunna lösa ärendet och det gäller därför att man är lösningsorienterad. Iband krävs det att du eskalerar ärendet vidare eller delegerar till t.ex. service- eller applikationstekniker. I rollen kommer du ha många kontakytor. Förutom de dagliga kundkontakterna kommer du också ha många interna kontakytor främst med teknikerna som är ute på fält, andra kollegor ur helpdesk teamet och second level support. Du behöver även känna dig bekväm med att arbeta i olika system då arbetet ibland kräver att du felsöker remote i kundens loggfiler. I den här rollen kommer du att rapportera till European Manager för teknisk support och du kommer vara en del av det nordiska teamet.

Dina arbetsuppgifter kommer bl.a. bestå av att: 
• svara på kundens förfrågningar och complaints på ett snabbt och professionellt sätt
• göra en första bedömning och analys av kundens problem och hitta en lösning på hur man bäst går vidare 
• eskalera frågor inom organisationen vid behov
• följa upp ärenden och stänga när de är avslutade
• upprätthålla kunskap om företagets instrument och produkter genom att delta i utbildningsseminarier, granska professionella publikationer och upprätta personliga nätverk

Kvalifikationer
• Akademisk examen inom t.ex. bioteknik, kemiteknik eller annan passande teknisk inriktning
• Erfarenhet av en liknande roll i en teknisk industri, gärna från Life Science industrin
• Mycket goda datakunskaper och ett stort dataintresse
• Flytande i både svenska och engelska i tal och skrift är ett krav
• Har du tidigare erfarenhet av att ha arbetat med Tecans utrustning och mjukvara ses detta som starkt meriterande 
• Språkkunskaper i spanska, tyska, franska och/eller danska är meriterande

I denna roll lägger vi även stor vikt vid personlig lämplighet och det krävs att du är kommunikativ, serviceinriktad och framåtlutad. För att trivas i rollen bör du vara en problemlösare ut i fingerspetsarna och det är också viktigt att du känner dig bekväm med att driva den tekniska dialogen både mot kunder och internt. Vidare är du van vid ett högt arbetstempo där du snabbt kan behöva omprioritera för att anpassa dig till nya omständigheter. Du kommer själv att planera ditt arbete utifrån de frågeställningar som kommer in från kund och det gäller därför att du är organiserad och strukturerad i ditt arbetssätt och att du har en mycket god prioriteringsförmåga. 

Ansökan
Ansökningar kommer att hanteras löpande så tveka inte att skicka in din ansökan om du tycker att tjänsten låter intressant. 

Ansökningar via mail undanbedes då vi inte har möjlighet att hantera dessa p.g.a. GDPR.

Information & Ansökan
I rekryteringen av denna tjänst samarbetar Tecan Nordic AB med Randstad Life Sciences. För ytterligare information om tjänsten, vänligen kontakta: Rekryteringskonsult Heidi Pettersson, heidi.pettersson@randstad.se 

Om företaget
Tecan is a leading global provider of automated laboratory instruments and solutions. Our systems and components help people working in clinical diagnostics, basic and translational research and drug discovery bring their science to life. In particular, we develop, produce, market and support automated workflow solutions that empower laboratories to achieve more. Our Cavro branded instrument components are chosen by leading instrumentation suppliers across multiple disciplines.

Our vision is to empower every laboratory, every day, around the world, with Tecan technology, products and support. We aim to shape the future of automated workflows in life sciences and clinical diagnostics through unrivaled expertise, products and customer support. Visa mindre

We are looking for an outstanding individual to lead and grow our Computational Biology team in Stockholm, Sweden.
The ideal candidate will have a proven track record of leading and developing teams of data scientists that have successfully developed robust methods or products using molecular-based technologies.
The candidate must combine impressive technical leadership, excellence in people management, and a strong drive for making great products. You thrive in a fast paced environment, excel at managing multiple priorities, communicate clearly and get the job done. This position will interact closely with R&D leadership both in Stockholm and Pleasanton HQ.
In addition to leading the computational team, the successful candidate will work closely with talented biochemists, microfluidics engineers, chemists and software engineers to develop methods for single-cell and spatial genomic assays. You will innovate computational methods and analyses to improve product performance during a fast-paced product development cycle. This includes deep-dive analysis of cutting-edge in-house R&D and collaborator datasets, algorithm analysis & prototyping, implementation of new features, and improving the functionality of 10x’s software solutions.
The ideal candidate will be interested in method development for single cell and spatial genomics, drawing on training in statistics, optimization, graph algorithms, text algorithms, and beyond. You are a good programmer who can take an idea and quickly implement it in code. Any prior experience combining novel and existing tools into effective pipelines is a plus.
What you will be doing:
Lead the Computational Biology team in Stockholm working on product and software development
Recruit top talent to build out the Stockholm Comp Bio team across multiple technical areas
Provide technical guidance and insights to group members on challenging problems
Develop analysis tools to measure and guide development of genomic assays
Use exploratory analysis and statistical models to troubleshoot and optimize genomic assays
Build statistical analyses into robust tools for monitoring assay performance over time
Define experimental metrics for measuring assay quality, and determining goals & priorities for assay development work
Design proof-of-concept experiments, analyzing and interpreting the data to demonstrate the unique power of the 10x Genomics platform internally and externally



To be successful in this role, you will need:
PhD plus equivalent experience in a quantitative field (e.g. physics, mathematics, computer science, electrical engineering, computational/systems biology or related field)
Strong leadership and organizational skills
Experience managing teams (>5) of data scientists
Attract, develop and retain diverse talent
Ability to quickly conceive and implement custom statistical methods and algorithms and apply them to large data sets
Ability to use Python and R in method development and data analysis
Ability to work in a highly matrixed, fast-paced and quickly changing environment
Ability to communicate complex ideas with an interdisciplinary team
Demonstrable experience with the analysis of NGS data
A strong desire to build game-changing technologies and impact the world of life science research

Additional, desirable, skills & experience:
A deep intuition for the processes utilized by current NGS technologies and the subtleties of NGS data
Creative problem solver who obsesses over finding useful information in data
Hands on experience with NGS data tools (e.g. bwa, samtools, GATK)
Experience analyzing multiplexed imaging datasets (e.g. in situ sequencing, multiplexed FISH)
A combination of mathematical depth with a healthy respect for the imperfections inherent in real-world data
Exhibits focus; appropriately prioritizes, manages expectations and delivers on commitments



Öppen för alla
Vi fokuserar på din kompetens, inte dina övriga förutsättningar. Vi är öppna för att anpassa rollen eller arbetsplatsen efter dina behov. Visa mindre

Arbetsbeskrivning
Vi söker nu en erfaren Technical Support Specialist till Tecan Nordic. Tecan är ett globalt företag som säljer automatiserade lösningar för klinisk diagnostik. Vi söker dig som har tidigare erfarenhet av en technical support roll, gärna från Life Science industrin, och som är serviceinriktad, kommunikativ lösningsfokuserad. Tjänsten är placerad i centrala Stockholm med tillträdesdatum så snart som möjligt i överenskommelse med rätt kandidat.  

Ansvarsområden
I rollen som Technical support Specialist kommer du vara ansvarig för att ge bästa möjliga service till Tecans kunder via mail och telefon. Du kommer tillhöra helpdesk och vara behjälplig i tekniska frågor rörande företagets produkter. Detta kan innefatta frågeställningar gällande både hårdvara och mjukvara. I rollen agerar du som first line support och gör en första bedömning av ärendet och hur man ska gå vidare. I många fall kommer du själv att kunna lösa ärendet och det gäller därför att man är lösningsorienterad. Iband krävs det att du eskalerar ärendet vidare eller delegerar till t.ex. service- eller applikationstekniker. I rollen kommer du ha många kontakytor. Förutom de dagliga kundkontakterna kommer du också ha många interna kontakytor främst med teknikerna som är ute på fält, andra kollegor ur helpdesk teamet och second level support. Du behöver även känna dig bekväm med att arbeta i olika system då arbetet ibland kräver att du felsöker remote i kundens loggfiler. I den här rollen kommer du att rapportera till European Manager för teknisk support och du kommer vara en del av det nordiska teamet.

Dina arbetsuppgifter kommer bl.a. bestå av att: 
• svara på kundens förfrågningar och complaints på ett snabbt och professionellt sätt
• göra en första bedömning och analys av kundens problem och hitta en lösning på hur man bäst går vidare 
• eskalera frågor inom organisationen vid behov
• följa upp ärenden och stänga när de är avslutade
• upprätthålla kunskap om företagets instrument och produkter genom att delta i utbildningsseminarier, granska professionella publikationer och upprätta personliga nätverk

Kvalifikationer
• Akademisk examen inom t.ex. bioteknik, kemiteknik eller annan passande teknisk inriktning
• Erfarenhet av en liknande roll i en teknisk industri, gärna från Life Science industrin
• Mycket goda datakunskaper och ett stort dataintresse
• Flytande i både svenska och engelska i tal och skrift är ett krav
• Har du tidigare erfarenhet av att ha arbetat med Tecans utrustning och mjukvara ses detta som starkt meriterande 
• Språkkunskaper i spanska, tyska, franska och/eller danska är meriterande

I denna roll lägger vi även stor vikt vid personlig lämplighet och det krävs att du är kommunikativ, serviceinriktad och framåtlutad. För att trivas i rollen bör du vara en problemlösare ut i fingerspetsarna och det är också viktigt att du känner dig bekväm med att driva den tekniska dialogen både mot kunder och internt. Vidare är du van vid ett högt arbetstempo där du snabbt kan behöva omprioritera för att anpassa dig till nya omständigheter. Du kommer själv att planera ditt arbete utifrån de frågeställningar som kommer in från kund och det gäller därför att du är organiserad och strukturerad i ditt arbetssätt och att du har en mycket god prioriteringsförmåga. 

Ansökan
Ansökningar kommer att hanteras löpande så tveka inte att skicka in din ansökan om du tycker att tjänsten låter intressant. 

Ansökningar via mail undanbedes då vi inte har möjlighet att hantera dessa p.g.a. GDPR.

Information & Ansökan
I rekryteringen av denna tjänst samarbetar Tecan Nordic AB med Randstad Life Sciences. För ytterligare information om tjänsten, vänligen kontakta: Rekryteringskonsult Heidi Pettersson, heidi.pettersson@randstad.se 

Om företaget
Tecan is a leading global provider of automated laboratory instruments and solutions. Our systems and components help people working in clinical diagnostics, basic and translational research and drug discovery bring their science to life. In particular, we develop, produce, market and support automated workflow solutions that empower laboratories to achieve more. Our Cavro branded instrument components are chosen by leading instrumentation suppliers across multiple disciplines.

Our vision is to empower every laboratory, every day, around the world, with Tecan technology, products and support. We aim to shape the future of automated workflows in life sciences and clinical diagnostics through unrivaled expertise, products and customer support. Visa mindre

Do you want to contribute to top quality medical research?
Barntumörbanken (BTB), or in English: The Swedish Childhood Tumour Biobank, is a national infrastructure and sample collection for childhood tumors.

BTB performs deep sequencing and analysis on the collected samples in collaboration with the National Genomics Infrastructure (NGI) at The Science for Life Laboratory (SciLifeLab), the national centre for large-scale life science research with an advanced technological infrastructure. The aim of BTB is to promote research to increase the understanding of disease mechanisms for tumors in children and thereby contribute to the improvement of patient care and treatment.

BTB is currently also coordinating the national initiative Genomic Medicine Sweden (GMS) for paediatric cancer, with the purpose to implement whole genome sequencing in clinical practise for patients with childhood tumours. We are now looking for a motivated data manager/bioinformatician to contribute in developing sequencing data handling, and analysis, for the projects BTB manages and takes part in. This is an opportunity to work in a multi-disciplinary team in a continuously evolving research environment with the latest technologies in the field to support and enable high quality genomic research on childhood cancer.

Your mission
As a data manager/bioinformatician you would be primary responsible for managing large amounts of mainly DNA and RNA sequencing data, from raw data to comprehensively analysed results. The data is then mainly generated internally in collaboration with NGI/SciLifeLab and within the GMS-project. The tasks include to further develop the procedures for data management, including planning and maintaining storage systems, as well as routines for data transfer and documentation.

Additionally, focus will be on testing and maintaining analysis pipelines for the sequencing data both for basic research and for close to clinical application. This would include develop/install/run software and pipelines for analysis, visualization and interpretation of results concerning childhood tumour and paired normal samples.

The work will be performed both at the SciLifeLab and at BTB/Dept. of Pathology-Oncology together with colleagues of different expertise. A part of the job is also to keep up to date and in contact with the appropriate collaborators for NGS-data management.

Your profile
Requested requirements:

PhD or similar experience in computational biology, computer sciences or bioinformatics

Experience in data management and most common bioinformatics data sources and formats

Experience of NGS, and preferably WGS data

Programming skills, such as shell and Python

Vast experience working with Unix/Linux systems

Experience of configuration and maintenance of computer networks

Fluent spoken and written English

Preferred qualifications:

Experience from research in human genomics and transcriptomics, preferably in the area of cancer biology

Experience on developing project technical specifications

Experience in high performance computing, use of computer clusters

Experience on workflow managers such as Nextflow or similar

Experience on the development, generation and use of software containers e.g. Docker, Singularity or similar

Experience in database design and management

Ability to work independently, organized and take initiative

Excellent analytical and problem solving capabilities

Excellent communication, interpersonal skills and team-player.

 

Great emphasis will be placed on personal competence and suitability

What do we offer?
Karolinska Institutet is one of the world's leading medical universities. Our vision is to pursue the development of knowledge about life and to promote better health for all. At Karolinska Institutet, we conduct innovative medical research and provide the largest range of biomedical education in Sweden. Karolinska Institutet is a state university, which entitles employees to several benefits such as extended holiday and a generous occupational pension. Employees also have free access to our modern gym and receive reimbursements for medical care.

Location: Solna

https://ki.se/forskning/barntumorbanken

https://www.scilifelab.se/facilities/ngi-stockholm/



Application
Welcome to apply at the latest 2020-11-15.

The application is to be submitted through the Varbi recruitment system.  

Permanent position is initiated by a six months trial period.

Want to make a difference? Join us and contribute to better health for all Visa mindre

vid Institutionen för arkeologi och antikens kultur. Sista ansökningsdag: 2021-01-29.

Institutionen för arkeologi och antikens kultur är Sveriges största arkeologiska miljö och utsågs 2006 samt 2014 till ett av universitetets ledande forskningsområden. Institutionen består av sju enheter, nämligen arkeologi, arkeologiska forskningslaboratoriet, numismatiska forskningsgruppen, osteoarkeologiska forskningslaboratoriet, antikens kultur och samhällsliv, centrum för evolutionär kulturforskning och centrum för paleogenetik. Vid institutionen bedrivs forskning och undervisning inom ett flertal olika områden.

SciLifeLab Ancient DNA är en del av institutionen för arkeologi och antikens kultur och även en del av Centrum för paleogenetik (CPG), ett samarbete mellan Stockholms universitet och Naturhistoriska riksmuseet. Faciliteten bedriver verksamhet sedan 2019 och intresset för dess tjänster är stort både inom Sverige och internationellt. Facilitetens verksamhet bedrivs i samarbete med personal vid Uppsala universitet.

SciLifeLab Ancient DNA erbjuder analys av dna från forntida material som en tjänst för exempelvis arkeologer och andra forskare, museipersonal och uppdragsarkeologer. Analys av forntida dna är ett nytt kraftfullt verktyg för att förstå historia och biologi, men är huvudsakligen tillgänglig för specialiserade forskargrupper. Syftet med SciLifeLab Ancient DNA är att göra metoderna tillgängliga för en större och bredare grupp användare.

Arbetsuppgifter
Den huvudsakliga arbetsuppgiften är att utveckla och genomföra analys av dna-sekvensdata från historiska och förhistoriska lämningar av människor, djur och växter. Analysen inkluderar kvalitetskontroller, jämförande av sekvensdata med referensgenom, bedömning om dna är forntida, och undersökning av kön och art. Även analys av ursprung, släktskap och egenskaper och mikroorganismer ingår i uppgifterna.

Personen ansvarar för att upprätthålla och utveckla analysverktyg och datahanteringssystem och deltar även i sammanställning av rapporter till användare. Personen förväntas delta i institutionens och facilitetens övriga arbete, och ingår i ett team tillsammans med facilitetens personal i Uppsala.

Kvalifikationer
Vi söker en person med doktorsexamen i bioinformatik med inriktning mot dna-data, med dokumenterad erfarenhet av genomik och forntida DNA. Erfarenhet av arbete med dna-data vid servicelaboratorium, populationsgenetik och utveckling av verktyg för analys av dna-data är meriterande. Goda kunskaper i engelska, både i tal och skrift, är ett krav.

Stor vikt läggs även vid personliga egenskaper såsom planerings- och organisationsförmåga, samarbetsförmåga, ansvarstagande och noggrannhet.

Anställningsvillkor
Anställningen avser heltid och gäller tills vidare med sex månaders provanställning. Stockholms universitet tillämpar individuell lönesättning, ange därför gärna löneanspråk. Tillträde snarast.

Stockholms universitet strävar efter att vara en arbetsplats som är fri från diskriminering och ger lika möjligheter för alla.

Kontakt
Närmare information om anställningen lämnas av Ancient DNA-facilitetens föreståndare, Magnus Lundgren, tfn 018-471 26 96, magnus.lundgren@scilifelab.uu.se.

Fackliga företrädare
Ingrid Lander (Saco-S), tfn 0708-16 26 64, saco@saco.su.se, Alejandra Pizarro Carrasco (Fackförbundet ST/Lärarförbundet), tfn 08-16 34 89, alejandra@st.su.se, samt seko@seko.su.se (SEKO).

Ansökan
Du söker anställningen via Stockholms universitets rekryteringssystem. Du som sökande ansvarar för att ansökan är komplett i enlighet med annonsen och att den är universitetet tillhanda senast sista ansökningsdag.

Bifoga till ansökan: 


• personligt brev
• CV
• information om två referenspersoner, vänligen uppge namn, e-postadress och telefonnummer
• kopior av dokument som styrker kvalifikationer.

Anvisningar för sökande finns på webbsidan: att söka en anställning.

Välkommen med din ansökan!


Stockholms universitet bidrar till det hållbara demokratiska samhällets utveckling genom kunskap, upplysning och sanningssökande. Visa mindre

Do you want to contribute to top quality medical research?
Our group does research on precision cancer medicine with the aim of optimizing treatments for individual cancer patients based on molecular profiling, spatial cellular maps and functional drug testing.

Our goal is to develop a systems biology framework and process to match therapies using cell type and omics- profiling with drug testing.

Your mission
Your mission is to conduct bioinformatic analysis from a variety of high throughput drug testing assays and omics molecular profiles and image-based spatial biology maps. This position provides you with the opportunity to pioneer data integration and mining on drug testing data and with a unique chance to develop analysis pipelines together with wet lab scientists to find drug repurposing opportunities for cancer patients. Our data types include drug testing done using cell lines and patient-derived cells in well-based assays but also a wide selection of image-based data done on 2D and 3D models including live cell videos. For omics profiles we routinely conduct genomic, transcriptomic as well as single-cell sequencing experiments. To complement these data types, we also do multiplexed-immunohistochemical analyses to identify spatial relationships between cell types in diseased tissues.

The applicant will be expected to perform basic data analysis and to participate in routine choirs in data management, but be focused, curious and eager to develop novel integrative analyses using both image- and omics-based data for future precision cancer medicine. The successful candidate will regularly present and communicate the scientific results both in written and oral format, to both informaticians and wet lab scientists. You will be expected to communicate and present your results clearly in English and help in teaching to other group members as well as the research community as a whole. Many of our pipelines are created to be used continuously after initial publication and hence the ability and will to develop web-based tools is considered a bonus.

Your profile
You hold a PhD or relevant experience in industry in a suitable field such as bioinformatics, computer science, mathematical modelling, and deep/machine learning. You have strong data analysis skills and knowledge of statistics. Previous experience with image and/or -omics data along with single cell sequencing are beneficial. You have previously created relevant bioinformatics data analysis pipelines and have good understanding of data integration and network biology. We expect experience in working with biologists as well as in participating in multi-disciplinary collaborative work. Ability and motivation to communicate and collaborate widely across disciplines is important.

Excellent skills in R, Python and/or MATLAB along with expertise on databases () and version control (Git/Bitbucket) is needed. Working in a Linux environment, with experience in working with job scheduling resources (i.e. SLURM) and Docker/Singularity technologies is desirable. Also, knowledge on web frameworks (full stack) is considered as an advantage. Desired skills also include experience in purchase and administration of IT systems.

Motivation to develop web-based interactive tools enabling biologists to visualize and data-mine and carry out basic analyses is also highly appreciated. In our dynamic, multidisciplinary and collaborative team, the applicant should be self-driven, but possess excellent interpersonal and communication skills in spoken and written English.

What do we offer?
Karolinska Institutet is one of the world's leading medical universities. Our vision is to pursue the development of knowledge about life and to promote better health for all. At Karolinska Institutet, we conduct innovative medical research and provide the largest range of biomedical education in Sweden. Karolinska Institutet is a state university, which entitles employees to several benefits such as extended holiday and a generous occupational pension. Employees also have free access to our modern gym and receive reimbursements for medical care.

Your work will be carried out at the Science for Life Laboratory (SciLifeLab), that is a leading national infrastructure for next-generation life science research in Sweden. SciLifeLab is jointly operated by the four host universities: Karolinska Institutet, KTH Royal Institute of Technology, Stockholm University and Uppsala University, and it has facilities in four other universities across Sweden. There are over 1 000 people working at SciLifeLab, either in research groups or in the infrastructure facilities, most of them in the KI Solna campus and in Uppsala.

Location: Solna

https://www.scilifelab.se/

https://www.scilifelab.se/researchers/olli-kallioniemi/



Application
Welcome to apply at the latest 2020-11-08.

The application is to be submitted through the Varbi recruitment system.  

Want to make a difference? Join us and contribute to better health for all Visa mindre

Institutionen för medicinsk epidemiologi och biostatistik (MEB) är bland de största institutionerna inom epidemiologi i Europa och har ett särskilt fokus på att fördjupa vår kunskap om olika sjukdomars orsak. Vår institution består av forskare, doktorander, biostatistiker, datainsamlare, databasadministratörer och administrativ personal, totalt cirka 250 anställda. Institutionen är belägen på campusområdet i Solna. Mer information finns på: ki.se/meb



Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?
Vi letar efter 1-2 bioinformatiker som kommer att arbeta med cancergenomikdata i ProBio-studien (https://www.

probiotrial.org). ProBio är en prospektiv klinisk prövning som undersöker om behandlingsval baserat på en biomarkörsignatur kan ge bättre behandling för patienter med metastaserad kastrationsresistent prostatacancer. Biomarkörsignaturen identifieras genom riktad sekvensering av DNA från döende cancerceller anrikade från plasma, så kallat cirkulerande tumör-DNA. ProBio inkluderar för närvarande patienter i Sverige och Belgien och kommer att expandera till andra europeiska länder under 2020.

Cancer Genomics-teamet vid MEB, som är en del av Henrik Grönbergs forskargrupp, utför prospektiv genomisk profilering för ProBio och flera andra prospektiva kliniska studier inklusive ALASCCA-studien (https://ki.se/mmk/alascca-studien). Cancer Genomics-teamet leds av Johan Lindberg och består av en postdoc, tre bioinformatiker och tre labbingenjörer.

Din roll
Kandidaten kommer att komplettera den nuvarande informatikpersonalen och utföra varierade arbetsuppgifter, inklusive; utvärdera prospektivt genererade data innan de tillämpas i de kliniska prövningarna; arbeta med utveckling av algoritmer; implementera publicerad mjukvara från andra forskargrupper i den etablerade analysinfrastrukturen; deltar i vetenskapliga diskussioner. Den ena rollen är en tillsvidareanställning med 6 månaders provanställning och den andra rollen är en visstidsanställning på 1 år med möjlighet till 1 års förlängning. 

För frågor om tjänsten, vänligen kontakta Johan Lindberg. Kontaktinformation finns nedan i annonsen.

Vem är du?
- Kvalificerad att är en person som har en magisterexamen i bioinformatik eller beräkningsbiologi.
- Erfarenhet från att arbeta i en Linux / Unix-miljö.
- Programmeringserfarenhet i Python och R.
- Erfarenhet av att ha arbetat med sekvenseringsdata från Illuminainstrument.

För att lyckas i miljön måste kandidaten ha förmågan att arbeta självständigt, att samarbeta, vara ambitioner och ta initiativ.

Vad erbjuder vi?
En kreativ och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet även en statlig myndighet. Det innebär att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal, generös semester och en bra tjänstepension. Du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och får ersättning för läkarvård.

Placering: Solna 



 

Ansökan
Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi. 

Vid tillsvidareanställning tillämpar Karolinska Institutet 6 månaders provanställning.

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss Visa mindre

vid Institutionen för Biokemi och biofysik. Sista ansökningsdag: 2020-05-25.

Placering vid Science for Life Laboratory i Stockholm. SciLifeLab är ett nationellt centrum för storskalig livsvetenskaplig forskning med en avancerad teknologisk infrastruktur. Vid SciLifeLab utförs multidisciplinär forskning baserad på DNA-sekvensering, genexpressionsanalys, proteomik, bioinformatik, biostatistik och systembiologi. Målsättningen är att göra det möjligt för svenska forskare att analysera gener, transkript och proteiner i olika organismer i avsikt att klarlägga molekylära mekanismer relaterade till hälsa och miljö. 

Projektbeskrivning
Vi söker en postdoktor med inriktning mot bioinformatik, särskilt med inriktning mot inferens av genreglernätverk och analys av genuttrycksdata.

Arbetsuppgifter
Postdoktorn skall delta i forskningsprojekt, handledd av Profs. Erik Sonnhammer, Claudia Kutter och övriga deltagare i projekten. Projektet syftar till att ta fram pålitliga genreglernätverk från genuttrycksdata som generats av shRNA perturbationer, antingen inom ENCODE projektet eller internt inom Kutter gruppen. Metoderna för nätverksinferens har utvecklats av Sonnhammer gruppen. Det producerade nätverket ska analyseras för länkar kopplade till kända RBP funktioner och lncRNA bindning, och de viktigaste av dessa kommer att valideras experimentellt. Projektet omfattar programmering, dataanalys, benchmarking och modellering samt tillämpning av de utvecklade metoderna på experimentella data som genereras av projektet.

Behörighetskrav
Med postdoktor avses en arbetstagare som anställs i huvudsak för forskning och som har avlagt doktorsexamen eller har en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen.

Bedömningsgrunder
Examen ska vara avlagd högst tre år före ansökningstidens utgång. Om det finns särskilda skäl kan doktorsexamen ha avlagts tidigare. Sådana skäl är ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, klinisk tjänstgöring, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer eller andra liknande omständigheter.

Doktorsexamen inom bioinformatik och goda kunskaper inom molekylärbiologi och bioteknik. Alternativt doktorsexamen inom molekylärbiologi, bioteknik, eller liknande, samt minst 2 års postdoktoralt forskningsarbete inom bioinformatik och programmering, dokumenterat med publicerade vetenskapliga artiklar. 

Det är väsentligt att visa på kunskap om tekniker för sekvens- och molekylärdataanalys. Utmärkta färdigheter i datorprogrammering (främst Matlab, Python, R), UNIX och kunskap om biologiska databassystem är nödvändiga meriter. Meriterande kunskaper är erfarenhet av programmering, genusuttrycksanalys, statistisk dataanalys samt kunskaper inom molekylärbiologi. Arbetet sker i team, därför är det viktigt att du är utåtriktad och kan ta initiativ. Arbetet sker i en internationell miljö därför lägges stor vikt vid kommunikativa förmåga.

Anställningsvillkor
Anställningen avser heltid och gäller tills vidare, dock längst två år, med möjlighet till förlängning om det finns särskilda skäl. Tillträde enligt överenskommelse.

Stockholms universitet strävar efter att vara en arbetsplats som är fri från diskriminering och ger lika möjligheter för alla.

Kontakt
Upplysningar om anställningen lämnas professor Erik Sonnhammer, Stockholms universitet Erik.Sonnhammer@scilifelab.se.

Fackliga företrädare
Ingrid Lander (Saco-S), tfn 0708-16 26 64, saco@saco.su.se, Alejandra Pizarro Carrasco (Fackförbundet ST/Lärarförbundet), tfn 08-16 34 89, alejandra@st.su.se, samt seko@seko.su.se (SEKO).

Ansökan
Du söker anställningen via Stockholms universitets rekryteringssystem. Du som sökande ansvarar för att ansökan är komplett i enlighet med annonsen och att den är universitetet tillhanda senast sista ansökningsdag.

När du ansöker ber vi dig att fylla i följande uppgifter


• dina kontakt- och personuppgifter
• din högsta examen
• dina språkkunskaper
• kontaktinformation för 2–3 referenspersoner

och att bifoga följande dokument


• personligt brev
• CV – examina och övriga utbildningar, arbetslivserfarenhet och publikationsförteckning
• projektplan/forskningsplan (bör ej överstiga 3 sidor) som beskriver:
– varför du är intresserad av det i annonsen beskrivna ämnet/projektet
– varför och hur du vill bedriva projektet
– vad som gör dig lämplig för det aktuella projektet
• kopia av bevis på doktorsexamen
• eventuella rekommendationsbrev (max 3 filer)
• egna publikationer som du önskar åberopa (max 3 filer).

Anvisningar för sökande finns på webbsidan: anvisningar – sökande.

Välkommen med din ansökan!


Stockholms universitet bidrar till det hållbara demokratiska samhällets utveckling genom kunskap, upplysning och sanningssökande. Visa mindre

Institutionen för medicinsk epidemiologi och biostatistik (MEB) är bland de största institutionerna inom epidemiologi i Europa och har ett särskilt fokus på att fördjupa vår kunskap om olika sjukdomars orsak. Vår institution består av forskare, doktorander, biostatistiker, datainsamlare, databasadministratörer och administrativ personal, totalt cirka 250 anställda. Institutionen är belägen på campusområdet i Solna. Mer information finns på: ki.se/meb



Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?
Vi letar efter 1-2 bioinformatiker som kommer att arbeta med cancergenomikdata i ProBio-studien (https://www.

probiotrial.org). ProBio är en prospektiv klinisk prövning som undersöker om behandlingsval baserat på en biomarkörsignatur kan ge bättre behandling för patienter med metastaserad kastrationsresistent prostatacancer. Biomarkörsignaturen identifieras genom riktad sekvensering av DNA från döende cancerceller anrikade från plasma, så kallat cirkulerande tumör-DNA. ProBio inkluderar för närvarande patienter i Sverige och Belgien och kommer att expandera till andra europeiska länder under 2020. Cancer Genomics-teamet vid MEB, som är en del av Henrik Grönbergs forskargrupp, utför prospektiv genomisk profilering för ProBio och flera andra prospektiva kliniska studier inklusive ALASCCA-studien (https://ki.se/mmk/alascca-studien). Cancer Genomics-teamet leds av Johan Lindberg och består av en postdoc, tre bioinformatiker och tre labbingenjörer.

Din roll
Kandidaten kommer att komplettera den nuvarande informatikpersonalen och utföra varierade arbetsuppgifter, inklusive; utvärdera prospektivt genererade data innan de tillämpas i de kliniska prövningarna; arbeta med utveckling av algoritmer; implementera publicerad mjukvara från andra forskargrupper i den etablerade analysinfrastrukturen; deltar i vetenskapliga diskussioner. Detta är en anställning på 1 årmed möjlighet till förlängning. Vid frågor om tjänsten, se kontaktuppgifter nedan i annonsen till Johan Lindberg.

Vem är du?
Kvalificerad att är en person som har fått en magisterexamen i bioinformatik eller beräkningsbiologi.

Andra krav inkluderar:

1. Erfarenhet från att arbeta i en Linux / Unix-miljö.

2. Programmeringserfarenhet i Python och R.

3. Erfarenhet av att ha arbetat med sekvenseringsdata från Illuminainstrument.

För att lyckas i miljön måste kandidaten ha förmågan att arbeta självständigt, god samarbetsförmåga, ha ambitioner och ta initiativ. Vänligen inkludera två referenser i din ansökan. 

Vad erbjuder vi?
En kreativ och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet även en statlig myndighet. Det innebär att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal, generös semester och en bra tjänstepension. Du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och får ersättning för läkarvård.

Placering: Solna



Ansökan
Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi. 

Vid tillsvidareanställning tillämpar Karolinska Institutet 6 månaders provanställning.

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss Visa mindre

vid Institutionen för biokemi och biofysik, med placering på SciLifeLab, Stockholm. Sista ansökningsdag: 2020-03-03.


NBIS (bioinformatikplattformen vid SciLifeLab, www.nbis.se) är en stor nationell distribuerad infrastruktur med i dagsläget ca 90 medarbetare, inklusive bioinformatiker, systemutvecklare och data stewards. NBIS är under snabb utveckling och tillhandahåller avancerad support, verktyg och utbildning till svenska forskare inom biovetenskaperna. 

Vi söker nu flera nya medarbetare till NBIS grupp för bioinformatikstöd (Bioinformatics Support). Supportgruppen består i nuläget av närmare 50 seniora heltidsanställda bioinformatiker, med bred och avancerad expertis inom analys av storskaliga data från genomik och andra ”omics”.  Gruppen arbetar med forskargrupper från olika delar av landet, för att tillhandahålla avancerad expertis inom bioinformatik och däremed främja svensk forskning inom livsvetenskaperna. Exempel på forskningsområden som vi stödjer sträcker sig från translationell medicin och komplexa sjukdomar till fundamental cellbiologi och evolutionär och ekologisk forskning. Många projekt har en data-driven inriktning och kan inkludera AI och maskininlärning. 

Du kommer att arbeta i en spännande forskningsmiljö och med ett spektrum av intressanta projekt i samarbete med olika forskargrupper. NBIS erbjuder ett starkt medarbetarnätverk och den breda expertisen inom NBIS och övriga SciLifeLab utgör ett utmärkt forum för att bibehålla cutting-edge kunskap samt att ta sig an nya områden. Förutom dataanalyser inom forskningsprojekt inkluderar arbetet undervisning på avancerade, nationella kurser som NBIS organiserar samt potentiellt utveckling av verktyg och workflows. 

Arbetsuppgifter
Vi söker en driven bioinformatiker, computational biologist och/eller biostatistiker med gedigen bakgrund och stort intresse för tillämpade analyser av data från aktuella storskaliga metoder för exempelvis DNA-sekvensering och proteomik. “Reproducerbar forskning” och “FAIR data” är centrala koncept för oss. 

Som Bioinformatiker kommer du att:


• Utföra avancerade bioinformatiska analyser inom forskningsprojekt som erhåller stöd från NBIS.
• Potentiellt utveckla verktyg och workflows för sådana anlyser.
• Lära ut bioinformatik till andra forskare genom att samarbeta inom projekt och undervisa på nationella kurser.
• Delta i den löpande utvecklingen och förbättringen av bioinformatikplattformen NBIS på en nationell nivå.

Kvalifikationer
Den sökande skall ha doktorsexamen inom bioinformatik, biostatistik, computational biology eller näraliggande relevant område, vara kunnig i ett eller flera programmeringsspråk, helst Python och/eller R, flytande behärska talad och skriven engelska, vara mycket skicklig på att samarbeta och kommunicera med andra. Av särskild relevans är expertis inom transkriptomik, epigenetik, proteomik, single-cell biologi, biostatistik och integrativa analyser med flera olika datatyper. Förmåga inom experimentell design och mjukvaruutveckling är också meriterande. Stor vikt kommer läggas vid personlig lämplighet.  

Anställningsvillkor
Anställningen avser heltid och gäller tills vidare med sex månaders provanställning. Stockholms universitet tillämpar individuell lönesättning, ange därför gärna löneanspråk. Tillträde snarast.

Stockholms universitet strävar efter att vara en arbetsplats som är fri från diskriminering och ger lika möjligheter för alla. 

Kontakt
Närmare information om anställningen lämnas av Jessica Lindvall, NBIS Support manager, jessica.lindvall@nbis.se, tfn 070-710 63 47, Pär Engström, NBIS Support manager, par.engstrom@nbis.se, tfn 08-16 22 44, eller Bengt Persson, NBIS Director, bengt.persson@nbis.se.

Fackliga företrädare
Ingrid Lander (Saco-S), tfn 0708-16 26 64, saco@saco.su.se, Alejandra Pizarro Carrasco (Fackförbundet ST/Lärarförbundet), tfn 08-16 34 89, alejandra@st.su.se, samt seko@seko.su.se (SEKO).

Ansökan
Du söker anställningen via Stockholms universitets rekryteringssystem. Du som sökande ansvarar för att ansökan är komplett i enlighet med annonsen och att den är universitetet tillhanda senast sista ansökningsdag.

Bifoga endast personligt brev och CV. Kopior på betyg och intyg tar du med vid en eventuell intervju.

Anvisningar för sökande finns på webbsidan: anvisningar – sökande.

Välkommen med din ansökan!


Stockholms universitet bidrar till det hållbara demokratiska samhällets utveckling genom kunskap, upplysning och sanningssökande. Visa mindre

KTH är ett av Europas ledande tekniska universitet och en viktig arena för kunskapsutveckling. Som Sveriges största universitet för teknisk forskning och utbildning samlar vi studenter, forskare och fakultet från hela världen. Vår forskning och utbildning omfattar såväl naturvetenskap som alla grenar inom teknik samt arkitektur, industriell ekonomi, samhällsplanering, historia och filosofi.




Skolan för kemi, bioteknologi och hälsa (CBH) är en av KTH:s fem skolor och en stark konstellation för forskning och utbildning inom de bredare ämnesområdena hälsa, miljö, material och energi.

Skolan för kemi, bioteknologi och hälsa bedriver forskning och utbildning inom områden som rör flera globala samhällsutmaningar. Bland dem finns hållbar energi, hälsa och åldrande befolkningar, klimatförändringar, hållbar produktion och arbetsliv, livsmedelsproduktion och rent vatten.

Science for Life Laboratory (SciLifeLab, http://www.scilifelab.se/) är ett nationellt centrum för storskalig livsvetenskaplig forskning med en avancerad teknologisk infrastruktur. Vid SciLifeLab utförs multidisciplinär forskning baserad på DNA sekvensering, genexpressionanalys, proteomik, bioinformatik, biostatistik och systembiologi. Målsättningen är att göra det möjligt för svenska forskare att analysera gener, transkript och proteiner i olika organismer i avsikt att klarlägga molekylära mekanismer relaterade till hälsa och miljö. Exempel på tematiska forskningsområden som för närvarande bearbetas inom SciLifeLab är klinisk genomik/proteomik, cancergenomik och komplexa sjukdomars genomik samt ekologisk och miljörelaterad genomik.

Arbetsuppgifter

Forskargruppen inom Integrativ omik och precisionsmedicin på CBH-skolan leds av professor Mathias Uhlén och har sina lokaler på SciLifeLab Stockholm.  Huvudprojektet för denna grupp är “Swedish SCAPIS SciLifeLab Wellness Profiling (S3WP)”-programmet, vilket startades för att definiera hälsoprofiler i en frisk population baserat på spjutspetsteknik inom molekylära analyser och som nu fokuserar på sjukdomskohorter. Forskargruppen är i hög grad även involverad i ett antal olika dataintegrationsprojekt inom ”Human Protein Atlas”-projektet (www.proteinatlas.org) som använder en kombination av genomik, transkriptomik, proteomik samt antikroppsbaserad profilering för att studera globala proteinuttrycksmönster i humana celler, vävnader och organ.

Verksamhetens mål är att studera longitudinella effekter av livsstilsvariation i friska och sjuka individer baserat på deras uttrycksprofiler samt att vara delaktiga i den globala kartläggningen av människans proteiner inom Human Protein Atlas-projektet. Vi söker nu två postdoktorer med stark bioinformatikbakgrund med mål att genomföra integrativa analyser för det storskaliga data som kommer från både S3WP-programmet samt Human Protein Atlas-projektet. Arbetsuppgifterna inbegriper deltagande i forskningsarbete inom avdelningen för systembiologi på Institutionen för Proteinvetenskap, KTH Solna campus och SciLifeLab.  Detta innefattar uppbyggnad av forskningsnätverk, vidareutveckling av egna vetenskapliga färdigheter och självständighet samt aktiv medverkan i utbildning på samtliga nivåer. Biträdande handledarskap av doktorand och/eller master student kan ingå.

Vi erbjuder

- Internationell arbetsplats.
- Ett ledande tekniskt universitet som skapar kunskap och kompetens för en hållbar framtid.
- Här får du kollegor med höga ambitioner i en öppen, nyfiken och dynamisk miljö.

Kvalifikationer

Krav

Den sökande skall ha en stark bakgrund i bioinformatik, datavetenskap, beräkningsbiologi eller motsvarande med en djupgående kunskap inom biologi och biostatistik och urvalet kommer baseras på meriter och färdigheter. Förutom detta krävs även:

• Avlagd doktorsexamen inom bioinformatik, biostatistik, bioteknologi, eller liknande (eller utländsk examen som bedöms motsvara en doktorsexamen), som har avlagts högst tre år före ansökningstidens utgång. 

• Dokumenterad och omfattande erfarenhet av hantering, visualisering, analys och integration av storskaliga multi-dimensionella biologiska data set.

• Kunskap och god kännedom om bioinformatiska verktyg, paket, algoritmer och databaser.

• Avancerade färdigheter inom programmering, främst i R, Python eller Perl, samt erfarenhet av att arbeta i en UNIX/LINUX miljö.

• God förmåga att muntligt och skriftligt kommunicera och presentera forskning på engelska.

Vi kommer att lägga stor vikt vid personlig lämplighet.

Meriterande

- Vetenskaplig skicklighet.
- Pedagogisk förmåga.
- Samarbetsförmåga.
- Självständighet.
- Strukturerad.
- Problemlösande analysförmåga. 

Fackliga representanter

Du hittar kontaktuppgifter till fackliga representanter på https://www.kth.se/om/work-at-kth/fackrepresentanter-1.500898. 

Ansökan

Du ansöker via KTH:s rekryteringssystem. Du som sökande har huvudansvaret för att din ansökan är komplett när den skickas in.

Ansökan ska vara KTH tillhanda senast sista ansökningsdagen vid midnatt, CET/CEST (Central European Time/Central European Summer Time). 

Tidsbegränsad anställning i upp till två år, med tillträde enligt överenskommelse.

Om anställningen

Anställningen gäller tillsvidare dock längst två år.

En anställning som postdoktor är en tidsbegränsad meriteringsanställning med huvudinriktning mot forskning avsedd som ett första karriärsteg efter disputation.

Övrigt

Jämställdhet, mångfald och avståndstagande från alla former av diskriminering är både en kvalitetsfråga och en självklar del av KTH:s värdegrund.

För information om behandling av personuppgifter i samband med rekrytering läs mer här.


Vi undanber oss direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av platsannonser. Visa mindre

KTH är ett av Europas ledande tekniska universitet och en viktig arena för kunskapsutveckling. Som Sveriges största universitet för teknisk forskning och utbildning samlar vi studenter, forskare och fakultet från hela världen. Vår forskning och utbildning omfattar såväl naturvetenskap som alla grenar inom teknik samt arkitektur, industriell ekonomi, samhällsplanering, historia och filosofi.




Skolan för kemi, bioteknologi och hälsa (CBH) är en av KTH:s fem skolor och en stark konstellation för forskning och utbildning inom de bredare ämnesområdena hälsa, miljö, material och energi.

Skolan för kemi, bioteknologi och hälsa bedriver forskning och utbildning inom områden som rör flera globala samhällsutmaningar. Bland dem finns hållbar energi, hälsa och åldrande befolkningar, klimatförändringar, hållbar produktion och arbetsliv, livsmedelsproduktion och rent vatten.

Science for Life Laboratory (SciLifeLab, http://www.scilifelab.se/) är ett nationellt centrum för storskalig livsvetenskaplig forskning med en avancerad teknologisk infrastruktur. Vid SciLifeLab utförs multidisciplinär forskning baserad på DNA sekvensering, genexpressionanalys, proteomik, bioinformatik, biostatistik och systembiologi. Målsättningen är att göra det möjligt för svenska forskare att analysera gener, transkript och proteiner i olika organismer i avsikt att klarlägga molekylära mekanismer relaterade till hälsa och miljö. Exempel på tematiska forskningsområden som för närvarande bearbetas inom SciLifeLab är klinisk genomik/proteomik, cancergenomik och komplexa sjukdomars genomik samt ekologisk och miljörelaterad genomik.

National Genomics Infrastructure (NGI) plattformen vid Science for Life Laboratory är en nationell resurs som erbjuder storskalig sekvensering och analys av sekvenseringsdata till forskare.

Arbetsuppgifter

Vi letar nu efter en ansvarig för metod- och teknikutvecklingen vid NGI i Stockholm. Utvecklingsgruppen undersöker och provar nya metoder, kit, instrument och applikationer, samt felsöker större problem med existerande metoder och instrument. Huvudsakliga uppgifter inkluderar att leda gruppen på ungefär tio medlemmar av forskare, forskningsingenjörer, bioinformatiker och systemutvecklare, översätta de strategiska målen till dagliga arbetsuppgifter, ha ansvar för utveckling, implementering och validering av nya protokoll och processer – inklusive informatikska lösningar. En hel del tid kommer läggas på möten med möjliga samarbetspartners. Utöver detta förväntas kandidaten medverka i utåtriktad verksamhet och bidra till rapportering och ansökningar.

Du kommer bland annat att:

- Leda forskning- och utvecklingsaktiviteter
- Översätta strategiska mål till daglig verksamhet
- Planera vetenskapliga projekct tillsammans med samarbetspartners
- Vara ansvarig för utvecklingsgruppen
- Medverka i ledningsgruppen och samverka med övrig verksamhet inom NGI och SciLifeLab

Kvalifikationer

- Doktorsexamen med erfarenhet från genomik, molekylärbiologi och bioinformatik, eller motsvarande erfarenhet
- Djup förståelse och bred erfarenhet av ’Next Generation Sequencing (NGS)’, från design av projekt genom till analys av data
- Intresse av att arbeta med nya spjutspetsmetoder
- Mycket goda kunskaper i engelska, både i tal och skrift 

Meriterande: 

- Erfarenhet av att leda grupper
- Erfarenhet av olika metoder för NGS
- Bred erfarenhet av olika applikationer och forskningsfält inom genomik
- Erfarenhet av att utveckla nya tekniker, protokoll, mjukvara och/eller system
- Erfarenhet av, och skicklighet i forskningsstöd
- Erfarenhet av, och skicklighet i undervisning och presentationsteknik

Vidare söker vi dig som har en problemlösande analysförmåga, helhetssyn och ett strategiskt synsätt. Du har även goda ledar- och samarbetsegenskaper. 

Vi kommer lägga stor vikt vid personliga egenskaper.

Fackliga representanter

Du hittar kontaktuppgifter till fackliga representanter på https://www.kth.se/om/work-at-kth/fackrepresentanter-1.500898. 


Ansökan

Du ansöker via KTH:s rekryteringssystem. Du som sökande har huvudansvaret för att din ansökan är komplett när den skickas in. Din kompletta ansökan ska vara KTH tillhanda senast sista dagen för ansökningsperioden.

Anställningen inleds med sex månaders provanställning.

Övrigt

Jämställdhet, mångfald och avståndstagande från alla former av diskriminering är både en kvalitetsfråga och en självklar del av KTH:s värdegrund.

För information om behandling av personuppgifter i samband med rekrytering https://www.kth.se/om/work-at-kth/processing-of-personal-data-in-the-recruitment-process-1.823440.

Vi undanber oss direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av platsannonser. Visa mindre

KTH är ett av Europas ledande tekniska universitet och en viktig arena för kunskapsutveckling. Som Sveriges största universitet för teknisk forskning och utbildning samlar vi studenter, forskare och fakultet från hela världen. Vår forskning och utbildning omfattar såväl naturvetenskap som alla grenar inom teknik samt arkitektur, industriell ekonomi, samhällsplanering, historia och filosofi.




Arbetsuppgifter

Dessa projekt handlar om tillämpning av beräkningsmetoder för cancer omik-data.

En del cancerdata har encellsupplösning och en del innehåller spatial information. Vi samarbetar med grupper som utvecklar nya experimentella metoder samt genererar biomedicinska data.

Vi erbjuder

- Internationell arbetsplats.
- Ett ledande tekniskt universitet som skapar kunskap och kompetens för en hållbar framtid.
- Här får du kollegor med höga ambitioner i en öppen, nyfiken och dynamisk miljö.

Kvalifikationer

Krav

Avlagd doktorsexamen eller utländsk examen som bedöms motsvara en doktorsexamen, och som har avlagts högst tre år före ansökningstidens utgång.

Du behöver mycket stark bakgrund inom bioinformatisk analys av biologiska data. Mycket bra programmeringskunskaper är ett krav. En god förståelse för biologi är en klar merit, men en grundläggande förståelse och en önskan att bidra till biologi är en förutsättning.

Vi kommer att lägga stor vikt vid personlig lämplighet.

Meriterande

- Vetenskaplig skicklighet.
- Pedagogisk förmåga.
- Medvetenhet om mångfalds- och likabehandlingsfrågor med särskilt fokus på jämställdhet
- Samarbetsförmåga.
- Självständighet.

Fackliga representanter

Du hittar kontaktuppgifter till fackliga representanter på https://www.kth.se/om/work-at-kth/fackrepresentanter-1.500898. 

Ansökan

Du ansöker via KTH:s rekryteringssystem. Du som sökande har huvudansvaret för att din ansökan är komplett när den skickas in.

Ansökan ska innehålla: 

- CV inklusive relevanta publikationer samt yrkeserfarenhet och kunskap.
- Kopia av examensbevis och betyg från dina tidigare universitetsstudier. Översättningar till engelska eller svenska om de ursprungliga dokumenten inte utfärdas på något av dessa språk.
- Kortfattad redogörelse för varför du vill bedriva forskning, dina akademiska intressen och hur de relaterar till dina tidigare studier och framtida mål. max 1 sida lång.
- Kontaktinformation till två referenspersoner. Vi förbehåller oss rätten att kontakta referenser endast för utvalda kandidater.
Ansökan ska vara KTH tillhanda senast sista ansökningsdagen vid midnatt, CET/CEST (Central European Time/Central European Summer Time). 

Tidsbegränsad anställning under två år.


Om anställningen

Anställningen gäller tillsvidare dock längst två år.

Startdatum är öppet för diskussion, men vi vill helst att den framgångsrika kandidaten ska börja så snart som möjligt.

En anställning som postdoktor är en tidsbegränsad meriteringsanställning med huvudinriktning mot forskning avsedd som ett första karriärsteg efter disputation.

Övrigt

Jämställdhet, mångfald och avståndstagande från alla former av diskriminering är både en kvalitetsfråga och en självklar del av KTH:s värdegrund.

För information om behandling av personuppgifter i samband med rekrytering läs mer här.


Vi undanber oss direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av platsannonser. Visa mindre

vid Institutionen för biokemi och biofysik, SciLifeLab. Sista ansökningsdag: 2019-12-02.

NBIS (www.nbis.se) är en nationell infrastruktur med närmare 90 medarbetare och utgör Bioinformatikplattformen vid SciLifeLab. NBIS tillhandahåller avancerad support, infrastruktur och avancerad utbildning. NBIS utgör även den svenska noden i den europeiska infrastrukturen ELIXIR. För närvarande består ”Bioinformatics Short- & Medium-term Support av knappt 20 bioinformatikexperter, fördelade över våra 6 universitetsnoder. Tillsammans med  ”Long-term Support” har vi idag närmare 50 experter som tillsammans skapar en mycket stark och bred kompetensresurs inom Life Science.

Projektbeskrivning
Verksamheten inom “Bioinformatics Short- & Medium-term Support” leds av två managers och anställningen kommer att dela ansvaret för verksamheten med support manager Dr Henrik Lantz vid SciLifeLab Uppsala. Gruppen för Bioinformatics Short- & Medium-term Support är en av två Supportdelar inom NBIS; den andra delen är Long-term Support (WABI). Våra experter arbetar i en forskningsnära miljö och utför bioinformatiska analyser åt forskare runt om i Sverige.

Arbetsuppgifter
Managerrollen på NBIS Support inkluderar ansvar för:


• Daglig verksamhet för supportteamet, vilket inkluderar prioritering av projektengagemang i relation till våra operativa mål och engagerande av medarbetarna.
• Säkerställa att vi arbetar i en miljö som stimulerar kreativitet och effektivitet, samtidigt som arbetsmiljön är hälsosam.
• Kontinuerlig uppföljning av de projekt som erhåller support.
• Involvering i och organiserande av olika informationsaktiviteter som rör SciLifeLab generellt och NBIS specifikt.
• Rekrytering av nya medarbetare i samverkan med NBIS:s föreståndare och övriga support managers.
• Deltagande i NBIS ledningsgrupp för att:
löpande utveckla NBIS och dess supportverksamhet för att nå de strategiska mål som beslutats av NBIS:s styrgrupp och stämma; utarbeta och föreslå nya strategiska åtgärder för NBIS:s styrelse; möjliggöra ett effektivt utbyte med andra plattformar vid SciLifeLab för att kunna erbjuda en attraktiv nationell forskningsinfrastruktur.

Behörighetskrav


• Flerårig erfarenhet av supportarbete inom bioinformatik
• Doktorsexamen i bioinformatik eller liknande relevant ämnesområde
• Flerårig erfarenhet av arbete inom en nationell forskningsinfrastruktur eller motsvarande organisation
• Erfarenhet av koordineringsarbete, nationellt och internationellt
• Kunskaper i både svenska och engelska, i både tal och skrift, på hög nivå

Bedömningsgrunder
Den sökande ska vara mycket skicklig på att samarbeta och kommunicera med andra. Vi ser gärna att kandidaten har postdoktor-erfarenhet och erfarenhet från andra koordineringsuppdrag inom Life Science-sektorn. Erfarenhet av EU-projekt och/eller annan internationell verksamhet är meriterande. Arbetslivserfarenhet från facilitetsarbete och/eller industrierfarenhet är meriterande. Erfarenhet av ledningsuppdrag är också en merit. Störst vikt kommer läggas på personlig lämplighet.

Anställningsvillkor

Anställningen avser heltid och gäller tillsvidare med sex månaders provanställning. Tillträde snarast enligt överenskommelse.

Stockholms universitet strävar efter att vara en arbetsplats som är fri från diskriminering och ger lika möjligheter för alla.

Kontakt
Upplysningar om anställningen lämnas av NBIS Director, Prof. Bengt Persson, bengt.persson@nbis.se, tfn 070-425 02 30.

Fackliga företrädare
Ingrid Lander (Saco-S), tfn 0708-16 26 64, saco@saco.su.se, Alejandra Pizarro Carrasco (Fackförbundet ST/Lärarförbundet), tfn 08-16 34 89, alejandra@st.su.se, samt seko@seko.su.se (SEKO).

Ansökan
Du söker anställningen via Stockholms universitets rekryteringssystem. Du som sökande ansvarar för att ansökan är komplett i enlighet med annonsen och att den är universitetet tillhanda senast sista ansökningsdag.

OBS! Den fullständiga annonsen hittar du på www.su.se/jobb under lediga jobb.

Anvisningar för sökande finns på webbsidan: anvisningar – sökande.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshja?lp.

Välkommen med din ansökan!


Stockholms universitet – forskning, utbildning och samverkan i den internationella frontlinjen. Visa mindre

vid Institutionen för biokemi och biofysik. Sista ansökningsdag: 2019-09-24.

För mer information om vår verksamhet: www.dbb.su.se. För full annons se www.su.se under Lediga jobb.

Projektbeskrivning
Dina studier på forskarnivå inom biokemi med inriktning mot bioinformatik kommer att bedrivas inom projektet "Djupinlärning för förutsägande av proteinstrukturer". Projektledare: Arne Elofsson, arne@bioinfo.se, webbsida: www.bioinfo.se.

Djupinlärning är en gren av maskininlärning baserad på en uppsättning av algoritmer som försöker att modellera data på en hög abstraktionsnivå. Här kombineras olika modellarkitekturer, med komplexa strukturer, som består av flera icke-linjära transformationer. Användningen av djupinlärning har revolutionerat maskininlärning, men hittills endast använts i några få biologiska tillämpningar.

I det här projektet vill vi använda djupinlärningsmetod för att förutsäga olika aspekter av proteinstrukturer, inklusive (men inte begränsat till) modellkvalitetsbedömning, kontaktförutsägelser och sekundärstrukturförutsägelse. För en översikt över vårt arbete se http://bioinfo.se/papers/ 

Studenter med en bakgrund i fysik, datalogi eller bioteknik är lämpade att söka. Programmeringserfarenhet är viktigt och ett generellt intresse i vetenskapliga frågeställningar är avgörande.

Behörighetskrav
Grundläggande behörighet har den som avlagt examen på avancerad nivå, fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller på annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

För särskild behörighet krävs att den sökande inom utbildning på grundnivån har godkänt resultat på kurser om minst 90 högskolepoäng, antingen a) kemi/molekylärbiologi/bioteknik, eller b) datalogi/matematik/fysik, och ett självständigt arbete om minst 30 högskolepoäng samt kurser på avancerad nivå inom molekylära livsvetenskaper, datalogi, matematik, fysik och/eller bioinformatik så att totalt 60 högskolepoäng på avancerad nivå uppnås. Särskild behörighet har också den som i annan ordning inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper, vilket bedöms av examinator och/eller studierektor för utbildning på forskarnivå. 

Som doktorand får endast den anställas som antas eller redan är antagen till utbildning på forskarnivå vid en högskola. Vid anställning som doktorand/antagning till utbildning på forskarnivå ska avseende fästas främst vid graden av förmåga att tillgodogöra sig utbildning på forskarnivå.

Urval
Antagningsordning för utbildning på forskarnivå vid Stockholms universitet finns på: www.regelboken.su.se.

Anställningsvillkor
En ny anställning som doktorand gäller högst ett år. Anställningen får förnyas högst två år i taget. Sammanlagda anställningstiden får inte vara längre än motsvarande fyra års studier på heltid. 

Stockholms universitet strävar efter att vara en arbetsplats fri från diskriminering och ger lika möjligheter för alla.

Kontakt
Ytterligare information lämnas av projektledaren. Allmän information ang forskarutbildningen fås från Pia Ädelroth, studierektor, pia.adelroth@dbb.su.se, eller Lena Mäler, prefekt, lena.maler@dbb.su.se

Fackliga företrädare
Ingrid Lander (Saco-S), tfn 0708-16 26 64, saco@saco.su.se, Alejandra Pizarro Carrasco (Fackförbundet ST/Lärarförbundet), tfn 08-16 34 89, alejandra@st.su.se, samt seko@seko.su.se (SEKO).

Ansökan
Du söker anställningen via Stockholms universitets rekryteringssystem. Du som sökande ansvarar för att ansökan är komplett i enlighet med annonsen och att den är universitetet tillhanda senast sista ansökningsdag. Anvisningar för sökande finns på webbsidan: anvisningar – sökande

Välkommen med din ansökan!


Stockholms universitet – forskning, utbildning och samverkan i den internationella frontlinjen. Visa mindre